PhD Program

PhD Program

RNDr. Ladislav Anděra, CSc.

RNDr. Ladislav Anděra, CSc.

O nás

PhD program v centru BIOCEV je součástí postgraduálního studia v oborech biotechnologií a biomedicíny, ve kterém jsou v rámci centra BIOCEV sdruženy laboratoře fakult Univerzity Karlovy (1. lékařské a Přírodovědecké fakulty) a Biotechnologického ústavu AV ČR spolu s laboratořemi dalších pěti ústavů Akademie věd ČR - Ústavu molekulární genetiky, Mikrobiologického ústavu, Fyziologického ústavu, Ústavu experimentální medicíny a Ústavu makromolekulární chemie.

Vědečtí a odborní pracovníci centra BIOCEV kromě výzkumné práce přímo vedou nejen PhD studenty, jichž v současné době pracuje v BIOCEV přes 150, ale podílejí se i na vzdělávání studentů jak bakalářského, tak magisterského studia. Ve více než 50 laboratořích v centru BIOCEV se studenti pod vedením zkušených odborníků učí experimentálním technikám a metodikám vědecké práce s kterými najdou uplatnění v širokém spektru odborné vědecké práce.

Cílem postgraduální výuky je osvojení si nových a detailních znalostí ve zvoleném oboru, ale též získání praktických laboratorních dovedností včetně plánování, provedení a zhodnocení vědeckého pokusu, psaní vědeckých publikací či studentských výzkumných projektů. Podobně důležitým je také učení se prezentace vlastních vědeckých výsledků a v neposlední řadě rozvoj kritického myšlení.

Aktuality

Praktické info

Zájemce o PhD studium v rámci některého z otevřených PhD projektů v centru BIOCEV musí po dohodě se svým možným budoucím školitelem/školitelkou podat formální přihlášku k PhD studiu Biomedicíny (obvykle do konce dubna) a následně pak úspěšně projít přijímacím řízením před PhD komisí (obvykle v průběhu června).

Přijatí uchazeči o PhD studium začínají své studium ve vybraném biomedicínském PhD programu v rámci Přírodovědecké fakulty UK nebo některé z lékařských fakult UK. Třebaže se vybrané obory mohou odlišovat svými specifickými požadavky na studenty, všichni nastupující PhD studenti musí v koordinaci se svým školitelem sestavit individuální studijní plán zahrnující vybrané přednášky, kurzy, prezentace na studentských, případně národních, či mezinárodních konferencích, přípravu a zaslání rukopisů k recenznímu řízení a v neposlední řadě pak absolvování doktorské zkoušky před oborovou komisí.

PhD studium je obvykle 4-leté a je po tuto dobu zčásti financováno PhD stipendiem od příslušné fakulty, zčásti pak zaměstnaneckým kontraktem s pracovištěm školitele, přičemž maximální délka studia je 9 let. Pro úspěšné ukončení PhD studia je nezbytná alespoň jedna prvoautorská publikace v recenzovaném časopise s odpovídajícím impakt faktorem (případně další spoluautorské publikace) a úspěšná obhajoba PhD teze. Konkrétní povinnosti jsou však popsány příslušnými oborovými radami, které organizují jednotlivé studijní obory.

Volné PhD pozice

Nově otevřené pozice pro PhD studenty ve výzkumných laboratořích centra BIOCEV pro akademický rok 2022/2023 jsou přehledně uvedeny níže společně s propojením na detailnější informace o jednotlivých projektech. Ti z vás, kteří by měli zájem o některý či některé z těchto projektů, prosím vyplňte připojený dotazník/aplikační formulář s možným výběrem až třech PhD projektů (vpravo dole na aplikačním formuláři najdete také odkaz na ochranu osobních údajů – GDPR). Vámi vyplněný aplikační formulář bude po zaslání přeposlán zadavatelům vybraných PhD projektů a ti vás následně mohou kontaktovat ohledně detailů projektů a domluvit se na následné formální žádosti o PhD studium k vybranému projektu.

PhD projekt Vedoucí Laboratoř

PKN kinases belong to family of PKC kinases and are involved predominantly in regulation of cytoskeletal organization as effector proteins of Rho family of small GTPases. Unlike other PKN kinases, PKN3 is physiologically expressed mostly in primary endothelial cells and osteoclasts but is also often overexpressed in cancer cells. Recently, PKN3 was found to be surprisingly enriched in mitochondria. The aim of the project will be to analyze a potential PKN3-mediated crosstalk of Rho signaling and mitochondrial physiology.

The project aims to analyze the role of Src kinase in the physiology of osteoclasts, especially in the formation of sealing zones. Src activity and dynamics in the osteoclast sealing zone will be analyzed in living osteoclasts using our Src-FRET biosensor. CRISPR/Cas9 knock-in strategies will be used to prepare monocytes expressing the Src-FRET biosensor under an endogenous promoter.

The genetic code expansion allows for the targeted incorporation of non-canonical amino acids into the primary sequence of proteins. The aim of the project is to use this methodology for biochemical and biophysical characterization of interactions between heat shock protein 90 (HSP90) and human histone deacetylase 6 (HDAC6). Biological data suggest that HDAC6 is a principal deacetylase and a client protein of HSP90, but structural basis of HSP90 (de)acetylation by HDAC6 and functional consequences of such interactions have not been studied. The project shall provide mechanistic underpinnings of how cellular functions of HSP90 are regulated by reversible lysine acetylation with the special focus on the involvement of HDAC6.

Dvl3 is a scaffolding protein involved in Wnt signalling pathways that are essential for both correct embryo development and tissue homeostasis in adulthood. We have recently identified a new interacting partner of Dvl3 that tethers Dvl3 to microtubules. This project is focused on uncovering molecular basis of Dvl3 interactions with microtubule cytoskeleton and physiological significance of such interactions. The project involves both in vitro reconstitution of the Dvl3-tether-microtubule complex as well as complementary cell-based studies elucidating physiological role(s) of Dvl3/microtubule interactions in vivo.

The project is aimed at structure-function studies of anterograde transport mediated by conventional kinesins and their interactions with cargo molecules. We will use a bottom-up approach to analyze a kinesin/cargo transport system at the molecular level. To this end, we will express and purify individual protein components to reconstitute kinesin/cargo complexes and analyze their structural and functional properties. We will apply mutagenesis, biophysical approaches (microscale thermophoresis, analytical ultracentrifugation, SPR, FRET) and structural biology techniques (hydrogen/deuterium exchange, X-ray crystallography, SAXS, cryoEM) to pinpoint motifs mediating cargo/kinesin interactions and delineate the interaction interface(s).

The total internal reflection microscopy will be used to visualize the complexes and elucidate their functional properties up to the single molecule level in vitro. Finally, neuronal cell-based assays will be exploited to translate and validate in vitro data in a physiologically relevant environment of the axonal transport. Overall, we expect our data to contribute to our understanding of general molecular mechanisms governing kinesin activation and principles of a protein transport in (neuronal) cells.

The manipulation expression of ISWI chromatin remodeling ATPase/helicase Smarca5, a member of multiple SWI/SNF complexes, in adult hematopoietic stem cells leads to loss of lymphoid (B and NK/T) differentiation potential in a dose-dependent manner. On the other hand, the conditional inactivation of during fetal liver development leads to defective differentiation of adult-definitive hematopoietic progenitors and accumulation of non-functional hematopoietic stem cells, implying a role in the maintenance of adult-definitive hematopoietic stem cell populations. Besides its role in hematopoiesis, Smarca5 remodeling factor has additional roles during early post-implantation development, neurogenesis, and maintenance of adult tissue stem cells in highly dividing populations.

Using a transgenic mouse model expressing N-terminally tagged Smarca5 protein we have recently identified numerous known as well as previously unknown interaction partners in these tissues. The mechanism by which chromatin remodeling activity of Smarca5 regulates development is not entirely known, nevertheless the role of interaction partners is indispensable in this respect as many of these proteins recognize specific histone marks that control the expression of many tissue-specific transcription factors and their target genes. Study of genetic interaction of Smarca5 and its binding partners, identification of common genome-wide localization and integration with transcriptional and chromatin accessibility data would help to refine our understanding of ISWI remodeling function in the epigenetic regulation of transcription during development.

Hematopoiesis is a dynamic and complex hierarchical system of blood cell production from hematopoietic stem cells. The accumulation of genetic mutations in hematopoietic stem cells causes the loss of their ability to differentiate into mature blood cells and leads to the accumulation of clonal myeloid progenitors, which is called acute myeloid leukemia (AML). AML arises de novo or secondary to myelodysplastic syndrome (MDS) and is the most common acute leukemia in adults. Intensive treatment with chemotherapy is often hampered by the development of drug resistance and most, particularly older individuals, have a poor prognosis and survival. Increasing evidence and our data suggest that reactive oxygen species (ROS)-mediated signaling plays a key role in the mechanisms that initiate leukemia and is also involved in events that mediate development of leukemia cell resistance to treatment.

Applying proteomic approaches, we characterized redox signaling events in developmental hematopoiesis and in early stages of leukemia initiation and identified redox switches that contribute to loss of cellular response to therapy. ROS through modification of their thiol residues altered function of proteins with a pronounced role in regulation of cell death, metabolism, protein homeostasis and other fundamental processes of normal and malignant hematopoiesis hematopoiesis. We believe that our further work in this field will significantly contribute to our understanding of another layer of regulation of malignant hematopoiesis and improve current therapeutic approaches.

2 PhD positions are available in the newly established Laboratory of Molecular Oncology. Projects will be focused on the spatiotemporal regulation of the transition between quiescence and proliferation of cancer cells. Experiments will be carried out using advanced proteomics, transcriptomics and microscopy methods on the 3D cancer organoid cultures.

We work at the interface between cell biology and immunology and study how leukocytes distinguish various environmental cues and interpret them in their migratory behavior. Our primary focus are mechanical aspects – we want to understand how leukocytes recognize physical stress, overcome obstacles or navigate in topologically complex environments.

We aim to identify lymphoma associated DNA mutations relevant to its biology, aggressiveness, response to treatment, or relapse prediction by analysis of circulating tumor DNA. In the next step, the aim is to functionally characterize identified genes and mutations in relation to their function in lymphomas to provide molecular biology explanation of identified associations.

Very little is known about the protein composition of the non-actin and non-tubulin cytoskeleton of protists, i. e. the different types of intermediate and striated fibrils. Yet, this knowledge could allow the homology of some morphological structures across distant groups and answer the question of what the ancestor of eukaryotes (LECA) looked like. We believe that the methodology has matured to a stage where it is possible to start asking such questions, so let’s do something about it.

Euglena gracilis contains a secondary green plastid covered with three membranes. The mechanism by which proteins are targeted to plastid is not entirely clear, as is the actual process of transporting these proteins across envelope membranes. The time is so mature to develop an algorithm that, based on our knowledge and using a training set of credible plastid and mitochondrial proteins, would learn how to recognize plastid, mitochondrial and ER-targeted proteins of E. gracilis and implement it in a software with a user-friendly interface. Such a tool would help to refine the proteomes of E. gracilis organelles and to estimate organellar proteomes in related euglenas.

Přihláška

Prvním krokem je vybrat si PhD projekt/-ty a tím laboratoř/-e, kde by uchazeč o PhD studium měl zájem absolvovat PhD studium. Uchazeč následně musí vyplnit níže uvedenou on-line Přihlášku a odeslat ji. Vyplněnou přihlášku obdrží zadavatel/zadavatelé PhD projektů, který/kteří pak podle svého uvážení budou kontaktovat uchazeče o daný PhD projekt a domluví se na dalším postupu (např. online interview atd.). V případě oboustranného zájmu pak uchazeč po dohodě se zadavatelem projektu podá formální přihlášku o PhD studium k příslušné oborové radě, u které poté absolvuje vlastní pohovor (obvykle v červnu) o přijetí k PhD studiu. Termínem pro podání přihlášky v rámci centra BIOCEV je 28.2.2022, po přijetí k vybranému projektu je nutné podat přihlášku ke studiu k příslušnému studijnímu oboru do 30.4.2022 v rámci fakult Univerzity Karlovy (program biomedicína).

Considered PhD positions ?
Undergraduate education
Graduate (Master’s degree)
Exams & Grades ? Final examination(s) for the Master's degree
Indicate grading system ?
Research experience and skills
?
?
Additional reference
Achievements ?
Something about yourself ?
gdpr      

Kontakty

RNDr. Ladislav Anděra, CSc. RNDr. Ladislav Anděra, CSc.

RNDr.
Ladislav Anděra, CSc.

Koordinátor PhD programu BIOCEV

ladislav.andera@ibt.cas.cz
+420325873796
Mgr. Petr Solil Mgr. Petr Solil

Mgr.
Petr Solil

Vedoucí komunikace a tiskový mluvčí

petr.solil@ibt.cas.cz
+420325873143
RNDr. Kristýna Pimková, Ph.D. RNDr. Kristýna Pimková, Ph.D.

RNDr.
Kristýna Pimková, Ph.D.

Research Associate & Deputy Head

kristyna.pimkova@lf1.cuni.cz
+420325873026