Conditions and mechanisms of microbial cell adhesion and biofilm formation on solid surfaces

PhD Program

prof. RNDr. Zdena Palková, CSc.

prof. RNDr. Zdena Palková, CSc.

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

O nás

PhD program v centru BIOCEV je součástí postgraduálního studia v oborech biotechnologií a biomedicíny, ve kterém jsou v rámci centra BIOCEV sdruženy laboratoře fakult Univerzity Karlovy (1. lékařské a Přírodovědecké fakulty) a Biotechnologického ústavu AV ČR spolu s laboratořemi dalších pěti ústavů Akademie věd ČR - Ústavu molekulární genetiky, Mikrobiologického ústavu, Fyziologického ústavu, Ústavu experimentální medicíny a Ústavu makromolekulární chemie.

Vědečtí a odborní pracovníci centra BIOCEV kromě výzkumné práce přímo vedou nejen PhD studenty, jichž v současné době pracuje v BIOCEV přes 150, ale podílejí se i na vzdělávání studentů jak bakalářského, tak magisterského studia. Ve více než 50 laboratořích v centru BIOCEV se studenti pod vedením zkušených odborníků učí experimentálním technikám a metodikám vědecké práce s kterými najdou uplatnění v širokém spektru odborné vědecké práce.

Cílem postgraduální výuky je osvojení si nových a detailních znalostí ve zvoleném oboru, ale též získání praktických laboratorních dovedností včetně plánování, provedení a zhodnocení vědeckého pokusu, psaní vědeckých publikací či studentských výzkumných projektů. Podobně důležitým je také učení se prezentace vlastních vědeckých výsledků a v neposlední řadě rozvoj kritického myšlení.

Aktuality

Praktické info

Zájemce o PhD studium v rámci některého z otevřených PhD projektů v centru BIOCEV musí po dohodě se svým možným budoucím školitelem/školitelkou podat formální přihlášku k PhD studiu Biomedicíny (obvykle do konce dubna) a následně pak úspěšně projít přijímacím řízením před PhD komisí (obvykle v průběhu června).

Přijatí uchazeči o PhD studium začínají své studium ve vybraném biomedicínském PhD programu v rámci Přírodovědecké fakulty UK nebo některé z lékařských fakult UK. Třebaže se vybrané obory mohou odlišovat svými specifickými požadavky na studenty, všichni nastupující PhD studenti musí v koordinaci se svým školitelem sestavit individuální studijní plán zahrnující vybrané přednášky, kurzy, prezentace na studentských, případně národních, či mezinárodních konferencích, přípravu a zaslání rukopisů k recenznímu řízení a v neposlední řadě pak absolvování doktorské zkoušky před oborovou komisí.

PhD studium je obvykle 4-leté a je po tuto dobu zčásti financováno PhD stipendiem od příslušné fakulty, zčásti pak zaměstnaneckým kontraktem s pracovištěm školitele, přičemž maximální délka studia je 9 let. Pro úspěšné ukončení PhD studia je nezbytná alespoň jedna prvoautorská publikace v recenzovaném časopise s odpovídajícím impakt faktorem (případně další spoluautorské publikace) a úspěšná obhajoba PhD teze. Konkrétní povinnosti jsou však popsány příslušnými oborovými radami, které organizují jednotlivé studijní obory.

Conditions and mechanisms of microbial cell adhesion and biofilm formation on solid surfaces

Biofilms are complex, highly organized three-dimensional (3D) structures formed by various microbes (bacteria, yeasts and others). Due to their enormous resistance to external influences, they represent a very dangerous contamination of surfaces in biomedicine (e.g. on catheters, implants, prostheses, etc.) as well as in industry (e.g. in water reservoirs and other pipelines), where they can cause serious diseases or block the functionality of the respective devices. Biofilm life-cycle involves cell adhesion to a solid surface, followed by the formation of a complex 3D biofilm structure.

The long-term research of our team focuses on the investigation of the molecular and cellular mechanisms involved in the development and differentiation of spatially organized yeast structures (biofilms and colonies). The PhD studies will be part of our new research direction focusing on the identification of conditions and factors (including regulators) important for microbial cell adhesion and biofilm formation on differently modified solid surfaces (metals, plastics). Although the focus is on mechanisms in pathogenic and non-pathogenic yeasts, part of the planned research will also include selected bacteria. The range of methods includes the construction of fluorescently labeled strains, microscopy, spectroscopy and proteomic approaches.

Přihláška

Prvním krokem je vybrat si PhD projekt/-ty a tím laboratoř/-e, kde by uchazeč o PhD studium měl zájem absolvovat PhD studium. Uchazeč následně musí vyplnit níže uvedenou on-line Přihlášku a odeslat ji. Vyplněnou přihlášku obdrží zadavatel/zadavatelé PhD projektů, který/kteří pak podle svého uvážení budou kontaktovat uchazeče o daný PhD projekt a domluví se na dalším postupu (např. online interview atd.). V případě oboustranného zájmu pak uchazeč po dohodě se zadavatelem projektu podá formální přihlášku o PhD studium k příslušné oborové radě, u které poté absolvuje vlastní pohovor (obvykle v červnu) o přijetí k PhD studiu. Termínem pro podání přihlášky v rámci centra BIOCEV je 28.2.2024, po přijetí k vybranému projektu je nutné podat přihlášku ke studiu k příslušnému studijnímu oboru do 30.4.2024 v rámci fakult Univerzity Karlovy (program biomedicína).

Considered PhD positions ?
Undergraduate education
Graduate (Master’s degree)
Exams & Grades ? Final examination(s) for the Master's degree
Indicate grading system ?
Research experience and skills
?
?
Additional reference
Achievements ?
Something about yourself ?
gdpr      

Kontakty

RNDr. Ladislav Anděra, CSc. RNDr. Ladislav Anděra, CSc.

RNDr.
Ladislav Anděra, CSc.

Koordinátor PhD programu BIOCEV

ladislav.andera@ibt.cas.cz
+420325873796
Mgr. Petr Solil, DiS. Mgr. Petr Solil, DiS.

Mgr.
Petr Solil, DiS.

Vedoucí komunikace a tiskový mluvčí

petr.solil@ibt.cas.cz
+420325873143
RNDr. Kristýna Pimková, Ph.D. RNDr. Kristýna Pimková, Ph.D.

RNDr.
Kristýna Pimková, Ph.D.

Research Associate & Deputy Head

kristyna.pimkova@lf1.cuni.cz
+420325873026, +420325873039