Photoxenoprotein engineering for time-resolved structural biology

PhD Program

Gustavo Fuertes Vives

Gustavo Fuertes Vives

Biotechnologický ústav AV ČR

O nás

PhD program v centru BIOCEV je součástí postgraduálního studia v oborech biotechnologií a biomedicíny, ve kterém jsou v rámci centra BIOCEV sdruženy laboratoře fakult Univerzity Karlovy (1. lékařské a Přírodovědecké fakulty) a Biotechnologického ústavu AV ČR spolu s laboratořemi dalších pěti ústavů Akademie věd ČR - Ústavu molekulární genetiky, Mikrobiologického ústavu, Fyziologického ústavu, Ústavu experimentální medicíny a Ústavu makromolekulární chemie.

Vědečtí a odborní pracovníci centra BIOCEV kromě výzkumné práce přímo vedou nejen PhD studenty, jichž v současné době pracuje v BIOCEV přes 150, ale podílejí se i na vzdělávání studentů jak bakalářského, tak magisterského studia. Ve více než 50 laboratořích v centru BIOCEV se studenti pod vedením zkušených odborníků učí experimentálním technikám a metodikám vědecké práce s kterými najdou uplatnění v širokém spektru odborné vědecké práce.

Cílem postgraduální výuky je osvojení si nových a detailních znalostí ve zvoleném oboru, ale též získání praktických laboratorních dovedností včetně plánování, provedení a zhodnocení vědeckého pokusu, psaní vědeckých publikací či studentských výzkumných projektů. Podobně důležitým je také učení se prezentace vlastních vědeckých výsledků a v neposlední řadě rozvoj kritického myšlení.

Aktuality

Praktické info

Zájemce o PhD studium v rámci některého z otevřených PhD projektů v centru BIOCEV musí po dohodě se svým možným budoucím školitelem/školitelkou podat formální přihlášku k PhD studiu Biomedicíny (obvykle do konce dubna) a následně pak úspěšně projít přijímacím řízením před PhD komisí (obvykle v průběhu června).

Přijatí uchazeči o PhD studium začínají své studium ve vybraném biomedicínském PhD programu v rámci Přírodovědecké fakulty UK nebo některé z lékařských fakult UK. Třebaže se vybrané obory mohou odlišovat svými specifickými požadavky na studenty, všichni nastupující PhD studenti musí v koordinaci se svým školitelem sestavit individuální studijní plán zahrnující vybrané přednášky, kurzy, prezentace na studentských, případně národních, či mezinárodních konferencích, přípravu a zaslání rukopisů k recenznímu řízení a v neposlední řadě pak absolvování doktorské zkoušky před oborovou komisí.

PhD studium je obvykle 4-leté a je po tuto dobu zčásti financováno PhD stipendiem od příslušné fakulty, zčásti pak zaměstnaneckým kontraktem s pracovištěm školitele, přičemž maximální délka studia je 9 let. Pro úspěšné ukončení PhD studia je nezbytná alespoň jedna prvoautorská publikace v recenzovaném časopise s odpovídajícím impakt faktorem (případně další spoluautorské publikace) a úspěšná obhajoba PhD teze. Konkrétní povinnosti jsou však popsány příslušnými oborovými radami, které organizují jednotlivé studijní obory.

Photoxenoprotein engineering for time-resolved structural biology

Time-resolved structural biology aims at ‘watching’ biomolecules as they react or transform in real time. The fundamental roadblock remains reaction initiation: The macromolecules have to be synchronized, most often through laser pulses in the UV/Visible range. Unsurprisingly, most time-resolved experiments have targeted naturally photoactivated biomolecules, e.g. photoreceptors, which constitute only a minute fraction of the protein universe. Our long-term goal is to develop a universal method to make proteins light-activatable based on the genetic encoding of photo-responsive non-canonical amino acids (ncAA).

The Ph.D. student will introduce photocaged, photoswitchable and photocrosslinkable ncAA in non-photoactive proteins. Then she/he will characterize the photoxenoproteins with/without light by several biophysical techniques, including infrared and Raman spectroscopies, and eventually by time-resolved crystallography.
The aim of this project is to create photoxenoproteins, i.e. synthetic light-responsive proteins containing ncAA introduced by genetic code engineering, suitable for time-resolved structural biology/biophysics studies.

Přihláška

Prvním krokem je vybrat si PhD projekt/-ty a tím laboratoř/-e, kde by uchazeč o PhD studium měl zájem absolvovat PhD studium. Uchazeč následně musí vyplnit níže uvedenou on-line Přihlášku a odeslat ji. Vyplněnou přihlášku obdrží zadavatel/zadavatelé PhD projektů, který/kteří pak podle svého uvážení budou kontaktovat uchazeče o daný PhD projekt a domluví se na dalším postupu (např. online interview atd.). V případě oboustranného zájmu pak uchazeč po dohodě se zadavatelem projektu podá formální přihlášku o PhD studium k příslušné oborové radě, u které poté absolvuje vlastní pohovor (obvykle v červnu) o přijetí k PhD studiu. Termínem pro podání přihlášky v rámci centra BIOCEV je 28.2.2024, po přijetí k vybranému projektu je nutné podat přihlášku ke studiu k příslušnému studijnímu oboru do 30.4.2024 v rámci fakult Univerzity Karlovy (program biomedicína).

Considered PhD positions ?
Undergraduate education
Graduate (Master’s degree)
Exams & Grades ? Final examination(s) for the Master's degree
Indicate grading system ?
Research experience and skills
?
?
Additional reference
Achievements ?
Something about yourself ?
gdpr      

Kontakty

RNDr. Ladislav Anděra, CSc. RNDr. Ladislav Anděra, CSc.

RNDr.
Ladislav Anděra, CSc.

Koordinátor PhD programu BIOCEV

ladislav.andera@ibt.cas.cz
+420325873796
Mgr. Petr Solil, DiS. Mgr. Petr Solil, DiS.

Mgr.
Petr Solil, DiS.

Vedoucí komunikace a tiskový mluvčí

petr.solil@ibt.cas.cz
+420325873143
RNDr. Kristýna Pimková, Ph.D. RNDr. Kristýna Pimková, Ph.D.

RNDr.
Kristýna Pimková, Ph.D.

Research Associate & Deputy Head

kristyna.pimkova@lf1.cuni.cz
+420325873026, +420325873039