Mechanismy odpovědi na syntetické a de novo geny

Mechanismy odpovědi na syntetické a de novo geny

Mgr. Klára Hlouchová, Ph.D.

Mgr. Klára Hlouchová, Ph.D. — Vedoucí projektu

O nás

Projekt je zaměřen na mapování chování (např. tolerance a biologický poločas) syntetických sekvencí v eukaryotickém prostředí.

Tento výzkum je důležitý pro pochopení rané proteinové evoluce a fenoménu de novo genů. Základní otázkou je, s jakou pravděpodobností je i ze zcela náhodné sekvence získat proteinovou funkci či strukturu a jak takové děje korelují s reakcí buněčného prostředí.  

Cíle:

  • Zavedení knihoven syntetických genů do eukaryotického systému a mapování jejich exprese, tolerance, rozpustnosti a biologického poločasu
  • Monitorování a selekce foldingu produkovaných variant pomocí biofyzikálních metod

Více informací www.khlab.org

Publikace

2020

Tretyachenko V, Voráček V, Souček R, FujishimaK, and Hlouchová K. (2020) CoLiDe: Combinatorial Library Design tool for probing protein sequence space. Bioinformatics DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa804

Bornberg-Bauer E, Hlouchova K, Lange A. (2020) Structure and function of naturally evolved de novo proteins. Current Opinions in Structural Biology. In Press

2019

Vymětal J, Vondrášek J, and Hlouchová, K. (2019). Sequence Versus Composition: What Prescribes IDP Biophysical Properties? Entropy, 21(7), 654. https://doi.org/10.3390/e21070654

2017

Tretyachenko V, Vymětal J, Bednárová L, Kopecký V, Hofbauerová K, Jindrová H, Hubálek M, Souček R, Konvalinka J, Vondrášek J, and Hlouchová K. (2017) Random protein sequences can form defined secondary structure and are well-tolerated in vivo. SciRep 7, 15449. https://doi.org/10.1038/s41598-017-15635-8