GeneCore Facility

GeneCore Facility

Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D.

Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D. — Vedoucí laboratoře

O nás

GeneCore Facility poskytuje pokročilé transkriptomické služby pro akademické a komerční uživatele se zájmem o bulkovou, jednobuněčnou a prostorovou transkriptomiku. Podporujeme celý experimentální proces, včetně návrhu experimentu, přípravy vzorků a kontrol kvality, přípravy knihovny, sekvenování a komplexních služeb analýzy dat.

Naše odbornost

V GeneCore Facility nabízíme širokou škálu technik pro transkriptomickou analýzu, od měření aktivity několika genů v omezeném počtu vzorků až po analýzu celého transkriptomu v milionech jednotlivých buňkách. Po úvodní konzultaci navrhujeme nejlepší experimentální řešení přizpůsobená konkrétním výzkumným otázkám a dostupnému rozpočtu. Díky přísné kontrole kvality vzorků a ověřeným protokolům zajišťujeme přesné a spolehlivé výsledky, které poskytují vysoce kvalitní data pro Vaše výzkumné potřeby.

Náš cíl

Primárním cílem GeneCore Facility je poskytovat moderní transkriptomické technologie české vědecké komunitě a podporovat excelentní výzkum. Úzce spolupracujeme s předními odborníky a poskytovateli technologií, abychom nabízeli služby využívající nejnovější pokroky v oboru.

Podpora excelentního výzkumu

V souladu s misí a vizí Biotechnologického ústavu Akademie věd České republiky naše služby přispívají k různorodým výzkumným iniciativám a otevírají cestu k vývoji léčiv nové generace a inovativních biotechnologií.

Kontaktujte nás

Spojte se s GeneCore Facility a odhalte potenciál transkriptomické analýzy. Kontaktujte nás na genecore@ibt.cas.cz s konkrétními požadavky na Váš projekt a zjistěte, jak můžeme podpořit Váš výzkum a inovace prostřednictvím naší odbornosti.

 

 

Aktuality

Akce

Služby

GeneCore Facility je špičková výzkumná laboratoř poskytující moderní transkriptomické služby. Naše služby zahrnují celý experimentální proces, včetně návrhu experimentu, přípravy vzorků a kontroly kvality, přípravy knihoven, sekvenování a analýzy dat. Tyto služby jsou dostupné jak akademickým, tak externím komerčním uživatelům.

Konzultace a návrh experimentu

Každý úspěšný projekt začíná kvalitním návrhem experimentu.

  • Pomoc s výběrem metody.
  • Poradenství ke sběru vzorků.
  • Doporučení nástrojů pro kontrolu kvality.
  • Možnosti pilotního experimentu.
  • Možnosti analýzy dat.

Příprava vzorků, zpracování a kontrola kvality

Komplexní protokol pro zajištění vysoce kvalitních dat pro Váš výzkum.

  • Extrakce RNA.
  • Posouzení kvality a množství RNA (pomocí Nanodrop, Qubit, Fragment Analyzer).
  • Kontrola kvality pomocí RT-qPCR.
  • Posouzení viability buněk.

Reverzní transkripční kvantitativní PCR (RT-qPCR)

Standardizovaná cílená analýza mRNA pro různé výzkumné potřeby.

  • Návrh a validace primerů.
  • Primery pro kontrolu kvality.
  • Bulkové i jednobuněčné profilování RNA (Bio-Rad CFX96 a CFX384).
  • Vysokokapacitní mRNA profilování (BioMark).

Digitální dropletová PCR

Absolutní kvantifikace cílových molekul DNA nebo RNA.

  • Návrh a validace primerů.
  • QX200 Droplet Digital PCR System od společnosti Bio-Rad.

Bulková transkriptomika

Analýza celého transkriptomu v tkáňových nebo buněčných kulturách.

  • QuantSeq 3’ mRNA-Seq V2 Library Prep Kit od společnosti Lexogen (link) pro profilování exprese pomocí analýzy 3' konců mRNA.
  • NEBNext® Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit (link) pro analýzu transkriptomu po celé délce mRNA.
  • Cena od 1 400 CZK za vzorek.*

Profilování malých RNA

Cílená a celogenomová analýza transkriptomu malých RNA.

  • Two-tailed RT-PCR (link) pro analýzu jednotlivých miRNA.
  • RealSeq Small RNA Library Kit from RealSeq Biosciences (link) pro celogenomovou analýzu malých RNA.
  • Cena od 3 000 CZK za vzorek.

Jednobuněčná transkriptomika

Analýza transkriptomu na úrovni jednotlivých buněk, přizpůsobitelná jakékoliv velikosti projektu.

  • Evercode od společnosti Parse Biosciences (link) pro velké projekty.
  • Chromium Single Cell Gene Expression od společnosti 10x Genomics (link) pro středně velké experimenty.
  • PIPseq V od společnosti FluentBiosciences (link) pro projekty různých velikostí.
  • Smart-seq3xpress plate-based technologie (link) pro analýzu vzácných buněk.
  • Cena od 10 000 CZK za vzorek.*

Prostorová transkriptomika

Analýza celého transkriptomu s prostorovým rozlišením.

  • Visium Spatial Gene Expression od společnosti 10x Genomics (link) pro prostorovou analýzu celého transkriptomu.
  • Cena od 60 000 CZK za vzorek.*

Sekvenační služby

  • Cenově výhodné sekvenování s použitím nejnovější platformy NovaSeqX (link).**
  • Možnost sdíleného sekvenačního běhu.
  • Od 22 000 CZK za 1 miliardu readů.*

Analýza dat

Podpora při přípravě dat a základní analýze.

  • Analýza dat pro bulkovou transkriptomiku.
  • Software s intuitivním ovládáním pro komplexní analýzu jednobuněčných dat.

* Ceny jsou orientační a jsou uvedeny bez DPH. Podrobné cenové nabídky jsou k dispozici na vyžádání na genecore@ibt.cas.cz. Konečná cena závisí na počtu vzorků a liší se pro interní uživatele, akademické uživatele a externí komerční uživatele.

** Sekvenační služby jsou poskytovány pomocí platformy NovaSeqX, umístěné v budově BIOCEV a spravované 1. Lékařskou fakultou Univerzity Karlovy.

Publikace

2015

Pre-amplification in the context of high-throughput qPCR gene expression experiment. Korenková V, Scott J, Novosadová V, Jindřichová M, Langerová L, Švec D, Šídová M, Sjöback R. BMC Mol Biol. 2015 Mar 11;16:5. doi: 10.1186/s12867-015-0033-9.

Post-treatment recovery of suboptimal DNA repair capacity and gene expression levels in colorectal cancer patients. Slyskova J, Cordero F, Pardini B, Korenkova V, Vymetalkova V, Bielik L, Vodickova L, Pitule P, Liska V, Matejka VM, Levy M, Buchler T, Kubista M, Naccarati A, Vodicka P. Mol Carcinog. 2015 Sep;54(9):769-78. doi: 10.1002/mc.22141. Epub 2014 Mar 3

2014

SPIDIA-RNA: second external quality assessment for the pre-analytical phase of blood samples used for RNA based analyses. Malentacchi F, Pazzagli M, Simi L, Orlando C, Wyrich R, Günther K, Verderio P, Pizzamiglio S, Ciniselli CM, Zhang H, Korenková V, Rainen L, Bar T, Kubista M, Gelmini S. PLoS One. 2014 Nov 10;9(11):e112293. doi: 10.1371/journal.pone.0112293. eCollection 2014.

Biomarkers for monitoring pre-analytical quality variation of mRNA in blood samples. Zhang H, Korenková V, Sjöback R, Švec D, Björkman J, Kruhøffer M, Verderio P, Pizzamiglio S, Ciniselli CM, Wyrich R, Oelmueller U, Kubista M, Lindahl T, Lönneborg A, Rian E. PLoS One. 2014 Nov 4;9(11):e111644. doi: 10.1371/journal.pone.0111644. eCollection 2014.

Molecular characteristics of mismatch repair genes in sporadic colorectal tumors in Czech patients. Vymetalkova VP, Slyskova J, Korenkova V, Bielik L, Langerova L, Prochazka P, Rejhova A, Schwarzova L, Pardini B, Naccarati A, Vodicka P. BMC Med Genet. 2014 Jan 31;15:17. doi: 10.1186/1471-2350-15-17.

Effect of zearalenone on reproductive parameters and expression of selected testicular genes in mice. Zatecka E, Ded L, Elzeinova F, Kubatova A, Dorosh A, Margaryan H, Dostalova P, Korenkova V, Hoskova K, Peknicova J. Reprod Toxicol. 2014 Jun;45:20-30. doi: 10.1016/j.reprotox.2014.01.003. Epub 2014 Jan 9.

2013

Evaluation of tumor suppressor gene expressions and aberrant methylation in the colon of cancer-induced rats: a pilot study. Polakova Vymetalkova V, Vannucci L, Korenkova V, Prochazka P, Slyskova J, Vodickova L, Rusnakova V, Bielik L, Burocziova M, Rossmann P, Vodicka P. Mol Biol Rep. 2013 Oct;40(10):5921-9. doi: 10.1007/s11033-013-2699-8. Epub 2013 Sep 25.

Association of obesity susceptibility gene variants with metabolic syndrome and related traits in 1,443 Czech adolescents. Dušátková L, Zamrazilová H, Sedláčková B, Včelák J, Hlavatý P, Aldhoon Hainerová I, Korenková V, Bradnová O, Bendlová B, Kunešová M, Hainer V. Folia Biol (Praha). 2013;59(3):123-33.

Microfluidic high-throughput RT-qPCR measurements of the immune response of primary bovine mammary epithelial cells cultured from milk to mastitis pathogens. Sorg D, Danowski K, Korenkova V, Rusnakova V, Küffner R, Zimmer R, Meyer HH, Kliem H. Animal. 2013 May;7(5):799-805. doi: 10.1017/S1751731112002315. Epub 2012 Dec 11.