GeneCore Facility

GeneCore Facility

Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D.

Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D. — Vedoucí laboratoře

O nás

GeneCore Facility poskytuje pokročilé transkriptomické služby pro akademické a komerční uživatele se zájmem o bulkovou, jednobuněčnou a prostorovou transkriptomiku. Podporujeme celý experimentální proces, včetně návrhu experimentu, přípravy vzorků a kontrol kvality, přípravy knihovny, sekvenování a komplexních služeb analýzy dat.

Naše odbornost

V GeneCore Facility nabízíme širokou škálu technik pro transkriptomickou analýzu, od měření aktivity několika genů v omezeném počtu vzorků až po analýzu celého transkriptomu v milionech jednotlivých buňkách. Po úvodní konzultaci navrhujeme nejlepší experimentální řešení přizpůsobená konkrétním výzkumným otázkám a dostupnému rozpočtu. Díky přísné kontrole kvality vzorků a ověřeným protokolům zajišťujeme přesné a spolehlivé výsledky, které poskytují vysoce kvalitní data pro Vaše výzkumné potřeby.

Náš cíl

Primárním cílem GeneCore Facility je poskytovat moderní transkriptomické technologie české vědecké komunitě a podporovat excelentní výzkum. Úzce spolupracujeme s předními odborníky a poskytovateli technologií, abychom nabízeli služby využívající nejnovější pokroky v oboru.

Podpora excelentního výzkumu

V souladu s misí a vizí Biotechnologického ústavu Akademie věd České republiky naše služby přispívají k různorodým výzkumným iniciativám a otevírají cestu k vývoji léčiv nové generace a inovativních biotechnologií.

Kontaktujte nás

Spojte se s GeneCore Facility a odhalte potenciál transkriptomické analýzy. Kontaktujte nás na genecore@ibt.cas.cz s konkrétními požadavky na Váš projekt a zjistěte, jak můžeme podpořit Váš výzkum a inovace prostřednictvím naší odbornosti.

 

 

Aktuality

Služby

GeneCore Facility je špičková výzkumná laboratoř poskytující moderní transkriptomické služby. Naše služby zahrnují celý experimentální proces, včetně návrhu experimentu, přípravy vzorků a kontroly kvality, přípravy knihoven, sekvenování a analýzy dat. Tyto služby jsou dostupné jak akademickým, tak externím komerčním uživatelům.

Konzultace a návrh experimentu

Každý úspěšný projekt začíná kvalitním návrhem experimentu.

  • Pomoc s výběrem metody.
  • Poradenství ke sběru vzorků.
  • Doporučení nástrojů pro kontrolu kvality.
  • Možnosti pilotního experimentu.
  • Možnosti analýzy dat.

Příprava vzorků, zpracování a kontrola kvality

Komplexní protokol pro zajištění vysoce kvalitních dat pro Váš výzkum.

  • Extrakce RNA.
  • Posouzení kvality a množství RNA (pomocí Nanodrop, Qubit, Fragment Analyzer).
  • Kontrola kvality pomocí RT-qPCR.
  • Posouzení viability buněk.

Reverzní transkripční kvantitativní PCR (RT-qPCR)

Standardizovaná cílená analýza mRNA pro různé výzkumné potřeby.

  • Návrh a validace primerů.
  • Primery pro kontrolu kvality.
  • Bulkové i jednobuněčné profilování RNA (Bio-Rad CFX96 a CFX384).
  • Vysokokapacitní mRNA profilování (BioMark).

Digitální dropletová PCR

Absolutní kvantifikace cílových molekul DNA nebo RNA.

  • Návrh a validace primerů.
  • QX200 Droplet Digital PCR System od společnosti Bio-Rad.

Bulková transkriptomika

Analýza celého transkriptomu v tkáňových nebo buněčných kulturách.

  • QuantSeq 3’ mRNA-Seq V2 Library Prep Kit od společnosti Lexogen (link) pro profilování exprese pomocí analýzy 3' konců mRNA.
  • NEBNext® Ultra™ II Directional RNA Library Prep Kit (link) pro analýzu transkriptomu po celé délce mRNA.
  • NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit (link) pro analýzu vzorků s nízkou koncentrací RNA.

Profilování malých RNA

Cílená a celogenomová analýza transkriptomu malých RNA.

  • Two-tailed RT-PCR (link) pro analýzu jednotlivých miRNA.
  • RealSeq Small RNA Library Kit from RealSeq Biosciences (link) pro celogenomovou analýzu malých RNA.

Jednobuněčná transkriptomika

Analýza transkriptomu na úrovni jednotlivých buněk, přizpůsobitelná jakékoliv velikosti projektu.

  • Evercode od Parse Biosciences (link) a QuantumScale od Scale Biosciences (link) pro velké projekty.
  • Chromium Single Cell Gene Expression od společnosti 10x Genomics (link) pro středně velké experimenty.
  • Illumina Single Cell 3' RNA Prep (dříve PIPseq V, link) pro cenově výhodnou analýzu.
  • Smart-seq3xpress plate-based technologie (link) pro analýzu vzácných buněk.

Prostorová transkriptomika

Analýza celého transkriptomu s prostorovým rozlišením.

  • Visium Spatial Gene Expression od společnosti 10x Genomics (link) pro prostorovou analýzu celého transkriptomu.

Sekvenační služby

  • Cenově výhodné sekvenování s s použitím nejnovějších Illumina platforem (link).**
  • Možnost sdíleného sekvenačního běhu.

Analýza dat

Podpora při přípravě dat a základní analýze.

  • Analýza dat pro bulkovou transkriptomiku.
  • Software s intuitivním ovládáním pro komplexní analýzu jednobuněčných dat.

 

Publikace

2024

HIF-1α limits myocardial infarction by promoting mitophagy in mouse hearts adapted to chronic hypoxia. Alanova P, Alan L, Opletalova B, Bohuslavova R, Abaffy P, Matejkova K, Holzerova K, Benak D, Kaludercic N, Menabo R, Di Lisa F, Ostadal B, Kolar F, Pavlinkova G. Acta Physiol (Oxf). 2024 Sep;240(9):e14202. doi: 10.1111/apha.14202. Epub 2024 Jul 17. PMID: 39016532.

 

2023

Complement C3a treatment accelerates recovery after stroke via modulation of astrocyte reactivity and cortical connectivity. Stokowska A, Aswendt M, Zucha D, Lohmann S, Wieters F, Morán Suarez J, Atkins AL, Li Y, Miteva M, Lewin J, Wiedermann D, Diedenhofen M, Torinsson Naluai Å, Abaffy P, Valihrach L, Kubista M, Hoehn M, Pekny M, Pekna M. J Clin Invest. 2023 May 15;133(10):e162253. doi: 10.1172/JCI162253. PMID: 36995772.

ISL1 controls pancreatic alpha cell fate and beta cell maturation. Bohuslavova R, Fabriciova V, Lebrón-Mora L, Malfatti J, Smolik O, Valihrach L, Benesova S, Zucha D, Berkova Z, Saudek F, Evans SM, Pavlinkova G. Cell Biosci. 2023 Mar 10;13(1):53.

Glioblastoma and cerebral organoids: development and analysis of an in vitro model for glioblastoma migration. Fedorova V, Pospisilova V, Vanova T, Amruz Cerna K, Abaffy P, Sedmik J, Raska J, Vochyanova S, Matusova Z, Houserova J, Valihrach L, Hodny Z, Bohaciakova D. Mol Oncol. 2023 Apr;17(4):647-663. doi: 10.1002/1878-0261.13389. Epub 2023 Feb 18. PMID: 36744875.

NEUROD1 reinforces endocrine cell fate acquisition in pancreatic development. Bohuslavova R, Fabriciova V, Smolik O, Lebrón-Mora L, Abaffy P, Benesova S, Zucha D, Valihrach L, Berkova Z, Saudek F, Pavlinkova G. Nat Commun. 2023 Sep 9;14(1):5554. doi: 10.1038/s41467-023-41306-6. PMID: 37689751.

Cortical glia in SOD1(G93A) mice are subtly affected by ALS-like pathology. Filipi T, Matusova Z, Abaffy P, Vanatko O, Tureckova J, Benesova S, Kubiskova M, Kirdajova D, Zahumensky J, Valihrach L, Anderova M. Sci Rep. 2023 Apr 21;13(1):6538. doi: 10.1038/s41598-023-33608-y. PMID: 37085528.

Spatiotemporal transcriptomic map of ischemic brain injury. Zucha D, Abaffy P, Kirdajova D, Jirak D, Anderova M, Kubista M, Valihrach L. BioRxiv 2023.03.28.534553; doi: 10.1101/2023.03.28.534553.

2022

ISL1 is necessary for auditory neuron development and contributes toward tonotopic organization. Filova I, Pysanenko K, Tavakoli M, Vochyanova S, Dvorakova M, Bohuslavova R, Smolik O, Fabriciova V, Hrabalova P, Benesova S, Valihrach L, Cerny J, Yamoah EN, Syka J, Fritzsch B, Pavlinkova G. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Sep 13;119(37):e2207433119. doi: 10.1073/pnas.2207433119. Epub 2022 Sep 8. PMID: 36074819.

Small RNA-Sequencing for Analysis of Circulating miRNAs: Benchmark Study. Androvic P, Benesova S, Rohlova E, Kubista M, Valihrach L. J Mol Diagn. 2022 Apr;24(4):386-394. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.12.006. Epub 2022 Jan 23. PMID: 35081459.

Compromised Astrocyte Swelling/Volume Regulation in the Hippocampus of the Triple Transgenic Mouse Model of Alzheimer's Disease. Tureckova J, Kamenicka M, Kolenicova D, Filipi T, Hermanova Z, Kriska J, Meszarosova L, Pukajova B, Valihrach L, Androvic P, Zucha D, Chmelova M, Vargova L, Anderova M. Front Aging Neurosci. 2022 Jan 27;13:783120. doi: 10.3389/fnagi.2021.783120. PMID: 35153718.

2021

Transient astrocyte-like NG2 glia subpopulation emerges solely following permanent brain ischemia. Kirdajova D, Valihrach L, Valny M, Kriska J, Krocianova D, Benesova S, Abaffy P, Zucha D, Klassen R, Kolenicova D, Honsa P, Kubista M, Anderova M. Glia. 2021 Nov;69(11):2658-2681. doi: 10.1002/glia.24064. Epub 2021 Jul 27. PMID: 34314531.

2020

Performance Comparison of Reverse Transcriptases for Single-Cell Studies. Zucha D, Androvic P, Kubista M, Valihrach L. Clin Chem. 2020 Jan 1;66(1):217-228. doi: 10.1373/clinchem.2019.307835. PMID: 31699702.

2019

Two-tailed RT-qPCR panel for quality control of circulating microRNA studies. Androvic P, Romanyuk N, Urdzikova-Machova L, Rohlova E, Kubista M, Valihrach L. Sci Rep. 2019 Mar 12;9(1):4255. doi: 10.1038/s41598-019-40513-w. PMID: 30862831.

High potassium exposure reveals the altered ability of astrocytes to regulate their volume in the aged hippocampus of GFAP/EGFP mice. Kolenicova D, Tureckova J, Pukajova B, Harantova L, Kriska J, Kirdajova D, Vorisek I, Kamenicka M, Valihrach L, Androvic P, Kubista M, Vargova L, Anderova M. Neurobiol Aging. 2020 Feb;86:162-181. doi: 10.1016/j.neurobiolaging.2019.10.009. Epub 2019 Oct 22. PMID: 31757575.

2018

A single-cell analysis reveals multiple roles of oligodendroglial lineage cells during post-ischemic regeneration. Valny M, Honsa P, Waloschkova E, Matuskova H, Kriska J, Kirdajova D, Androvic P, Valihrach L, Kubista M, Anderova M. Glia. 2018 May;66(5):1068-1081. doi: 10.1002/glia.23301. Epub 2018 Feb 2. PMID: 29393544.

2017

Two-tailed RT-qPCR: a novel method for highly accurate miRNA quantification. Androvic P, Valihrach L, Elling J, Sjoback R, Kubista M. Nucleic Acids Res. 2017 Sep 6;45(15):e144. doi: 10.1093/nar/gkx588. PMID: 28911110.

2016

Generation of reactive astrocytes from NG2 cells is regulated by sonic hedgehog. Honsa P, Valny M, Kriska J, Matuskova H, Harantova L, Kirdajova D, Valihrach L, Androvic P, Kubista M, Anderova M. Glia. 2016 Sep;64(9):1518-31. doi: 10.1002/glia.23019. Epub 2016 Jun 24. PMID: 27340757.

2015

Pre-amplification in the context of high-throughput qPCR gene expression experiment. Korenková V, Scott J, Novosadová V, Jindřichová M, Langerová L, Švec D, Šídová M, Sjöback R. BMC Mol Biol. 2015 Mar 11;16:5. doi: 10.1186/s12867-015-0033-9.

Post-treatment recovery of suboptimal DNA repair capacity and gene expression levels in colorectal cancer patients. Slyskova J, Cordero F, Pardini B, Korenkova V, Vymetalkova V, Bielik L, Vodickova L, Pitule P, Liska V, Matejka VM, Levy M, Buchler T, Kubista M, Naccarati A, Vodicka P. Mol Carcinog. 2015 Sep;54(9):769-78. doi: 10.1002/mc.22141. Epub 2014 Mar 3

2014

SPIDIA-RNA: second external quality assessment for the pre-analytical phase of blood samples used for RNA based analyses. Malentacchi F, Pazzagli M, Simi L, Orlando C, Wyrich R, Günther K, Verderio P, Pizzamiglio S, Ciniselli CM, Zhang H, Korenková V, Rainen L, Bar T, Kubista M, Gelmini S. PLoS One. 2014 Nov 10;9(11):e112293. doi: 10.1371/journal.pone.0112293. eCollection 2014.

Biomarkers for monitoring pre-analytical quality variation of mRNA in blood samples. Zhang H, Korenková V, Sjöback R, Švec D, Björkman J, Kruhøffer M, Verderio P, Pizzamiglio S, Ciniselli CM, Wyrich R, Oelmueller U, Kubista M, Lindahl T, Lönneborg A, Rian E. PLoS One. 2014 Nov 4;9(11):e111644. doi: 10.1371/journal.pone.0111644. eCollection 2014.

Molecular characteristics of mismatch repair genes in sporadic colorectal tumors in Czech patients. Vymetalkova VP, Slyskova J, Korenkova V, Bielik L, Langerova L, Prochazka P, Rejhova A, Schwarzova L, Pardini B, Naccarati A, Vodicka P. BMC Med Genet. 2014 Jan 31;15:17. doi: 10.1186/1471-2350-15-17.

Effect of zearalenone on reproductive parameters and expression of selected testicular genes in mice. Zatecka E, Ded L, Elzeinova F, Kubatova A, Dorosh A, Margaryan H, Dostalova P, Korenkova V, Hoskova K, Peknicova J. Reprod Toxicol. 2014 Jun;45:20-30. doi: 10.1016/j.reprotox.2014.01.003. Epub 2014 Jan 9.

2013

Evaluation of tumor suppressor gene expressions and aberrant methylation in the colon of cancer-induced rats: a pilot study. Polakova Vymetalkova V, Vannucci L, Korenkova V, Prochazka P, Slyskova J, Vodickova L, Rusnakova V, Bielik L, Burocziova M, Rossmann P, Vodicka P. Mol Biol Rep. 2013 Oct;40(10):5921-9. doi: 10.1007/s11033-013-2699-8. Epub 2013 Sep 25.

Association of obesity susceptibility gene variants with metabolic syndrome and related traits in 1,443 Czech adolescents. Dušátková L, Zamrazilová H, Sedláčková B, Včelák J, Hlavatý P, Aldhoon Hainerová I, Korenková V, Bradnová O, Bendlová B, Kunešová M, Hainer V. Folia Biol (Praha). 2013;59(3):123-33.

Microfluidic high-throughput RT-qPCR measurements of the immune response of primary bovine mammary epithelial cells cultured from milk to mastitis pathogens. Sorg D, Danowski K, Korenkova V, Rusnakova V, Küffner R, Zimmer R, Meyer HH, Kliem H. Animal. 2013 May;7(5):799-805. doi: 10.1017/S1751731112002315. Epub 2012 Dec 11.