Rychlejší a levnější testování na COVID-19 z Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy: LAMP testy ze slin blíž realizaci
Výzkum — 14.12.2020

Molekulární a buněčná biologie kvasinkových populací, interakce, signalizace a diferenciace

Rychlejší a levnější testování na COVID-19 z Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy: LAMP testy ze slin blíž realizaci

Odborníci na molekulární biologii z Laboratoře biologie kvasinkových populací na katedře genetiky a mikrobiologie se od počátku pandemie zapojili do boje proti koronaviru s cílem zavést rychlou identifikaci přítomnosti viru SARS-CoV-2 ve slinách.

Metoda je založena na technice LAMP (Loop-mediated isothermal amplification), která umožňuje v jediné zkumavce provést detekci virové RNA. Výhodou testování slin je výrazně jednodušší odběr vzorků a nepochybně i větší komfort testovaných osob. Navíc je technika LAMP poměrně rychlá a zároveň nenáročná na přístrojové vybavení. Na druhé straně tuto techniku často provázejí zásadní problémy jako je relativně vysoké procento falešně pozitivních vzorků či nízká spolehlivost vizuální detekce.

Tým vědců laboratoře prof. Zdeny Palkové v BIOCEVu se zaměřil především na vyřešení těchto zásadních technických problémů. S využitím rekombinantního nepatogenního viru poskytnutého virologickou laboratoří doc. Jitky Forstové, tým detailně analyzoval a optimalizoval jednotlivé kroky celého procesu testu. Výsledný test, který tým zavedl, výrazně zvyšuje spolehlivost jak techniky LAMP, tak i vizualizace pozitivních vzorků. Test je rychlý, detekuje virus v jedné zkumavce během 40 až 60 minut přímo ze vzorku slin bez nutnosti izolace RNA nutné pro klasické PCR testy a umožňuje pozitivní vzorky vizuálně jasně odlišit od vzorků negativních.

Členové výzkumného týmu při práci v laboratoři.
Foto: M. Kuthan

Testy na klinických vzorcích, které byly poskytnuty testovacím COVID týmem BIOCEVu vedeným dr. Ruth Tachezy, potvrdily vysokou citlivost nového postupu u vzorků odebraných pro klasický PCR test. 

V současné době tým prof. Zdeny Palkové testuje vliv přítomnosti slin na detekci viru v klinických vzorcích a plánuje provedení rozsáhlejšího testování na reálných vzorcích slin i na standardních odběrech z nosohltanu. Ačkoliv tento typ testů (alespoň prozatím) nemůže plně nahradit v současnosti používané PCR testy, představuje zajímavě jednoduchou a relativně levnou alternativu vhodnou pro široký screening velkého množství vzorků.

Vývoj metody je finančně podporován projektem TAČR.

Vizualizace pomocí fluorescence.
Foto: M. Kuthan
Pozitivní vzorky lze jednoduše vizuálně odlišit od negativních.
Foto: M. Kuthan

Aktuality