Prof. Pavel Stopka strávil v postdoktorandské pozici pět let na Oxfordské Univerzitě, kde se zabýval chováním a evolucí chování savců. Své zkušenosti plně využil po svém návratu na katedru zoologie Přírodovědecké fakulty UK v Praze, kde se zabývá komunikací mezi jedinci na molekulární úrovni. Profesor Stopka se zaměřuje na výzkum bílkovin z rodiny lipokalinů, které přenášejí nejrůznější signály ven z těla, a na chemosenzorické receptory, kterými příjemci takové signály rozeznají a zapnou či vypnou konkrétní fyziologické mechanismy (např. reprodukci a reprodukční chování). Prof. Stopka je hlavním organizátorem každoroční konference zaměřené na funkční genomiku – „The Central Euroepan Meeting on genes, gene expression, and behaviour“.
Pavel Stopka se bude významně podílet na jednom z pěti klíčových výzkumných programů projektu BIOCEV (Výzkumný program 1 – Funkční genomika). Cílem jeho výzkumu je rekonstrukce funkce a evoluce lipokalinů a chemosenzorických receptorů u hlodavců, či z nich odvozených linií. Lipokaliny patří mezi běžné transportery malých těkavých molekul, a přestože jsou sekvenčně velmi rozdílné, jejich typická konformace (tzv. beta barel) je neobyčejně konzervativní. Různé druhy hlodavců proto používají různé lipokaliny, což naznačuje, že v evoluci nedocházelo k cílené podpoře konkrétních genů, ale k podpoře konkrétní konformace. K dalším významným výsledkům doc. Stopky patří zjištění, že hlodavci zapínají či vypínají expresi genů pro lipokaliny v závislosti na konkrétním sociálním a ekologickém kontextu. V prostředí bez samic sníží samci expresi těchto genů na minimum, zatímco ve vyváženém prostředí se samicemi tyto geny zapínají. Následně pomocí ligandů, které lipokaliny vynášejí z těla, zrychlí reprodukční fyziologii samic tak, že se urychlí nástup receptivní fáze a ovulace.