RNDr. Cyril Bařinka, Ph.D.

RNDr. Cyril Bařinka, Ph.D.

Biotechnologický ústav AV ČR
Vedoucí skupiny Identifikace molekulárních cílů rakovinných léčiv

cyril.barinka@ibt.cas.cz
+420325873777

V Biotechnologickém ústavu AV ČR, v. v. i., vede Laboratoř strukturní biologie, kde se zabývá výzkumem vztahů mezi strukturou a funkcí medicínsky relevantních proteinů.

Hlavním cílem výzkumných studií je enzym glutamát karboxypeptidasa II (GCPII), který slouží jako marker pevných nádorů, zejména nádorů rakoviny prostaty. S využitím biofyzikálních metod (např. rentgenostrukturní analýzy), ve spolupráci s předními světovými pracovišti (Johns Hopkins Medical Institutions, USA; Yale university, USA), se snaží porozumět fungování tohoto proteinu na molekulární úrovni a zároveň detailně popsat interakce s nízkomolekulárními sloučeninami. Výsledky výzkumu mohou být využity např. pro návrh a optimalizaci sloučenin sloužících k detekci nádorů, jakož i k léčbě neurodegenerativních onemocnění. Vysokou úroveň tohoto výzkumu v českém i evropském měřítku dokumentují i prestižní ocenění (EMBO Installation grant a stipendium J. E. Purkyně), která byla udělena dr. Bařinkovi v roce 2010.

 

Profil skupiny (mateřská instituce): Laboratoř strukturní biologie (BTÚ AVČR)

Cyril Bařinka v databázi Pubmed

Nejvýznamnější výsledky

2017

Lv, W., Zhang, G., Barinka, C., Eubanks J. H., Kozikowski, A. P. Design and Synthesis of Mercaptoacetamides as Potent, Selective, and Brain Permeable Histone Deacetylase 6 Inhibitors. ACS Medicinal Chemistry Letters, 8(5): 510-515, 2017. doi: 10.1021/acsmedchemlett.7b00012. ISSN 1948-5875.

2012

Alquicer G, Sedlák D, ByunY,Pavlíček J, StathisM, Rojas C, Slusher B, Pomper MG, Bartůněk P, and Bařinka C.: Development of a high-throughput fluorescence polarization assay to identify novel ligands of glutamate carboxypeptidase II. J Biomol Screening 2012, 17:1030-1040.

Pavlicek J, Ptacek J, Barinka C: Glutamate Carboxypeptidase II: An Overview of Structural Studies and Their Importance for Structure-Based Drug Design and Deciphering the Reaction Mechanism of the Enzyme. Curr Med Chem 2012, 19:1300-1309.

2011

Plechanovova A, Byun Y, Alquicer G, Skultetyova L, Mlcochova P, Nemcova A, Kim HJ, Navratil M, Mease R, Lubkowski J, Pomper MG, Konvalinka J, Rulisek L, Barinka C.: Novel substrate-based inhibitors of human glutamate carboxypeptidase II with enhanced lipophilicity. J Med Chem 2011, 54:7535-7546.

2010

Zhang AX, Murelli RP, Barinka C, Michel J, Cocleaza A, Jorgensen WL, Lubkowski J, Spiegel DA: A remote arene-binding site on prostate specific membrane antigen revealed by antibody-recruiting small molecules. J Am Chem Soc 2010, 132:12711-12716.