Výzkumné centrum, jaké si fakulta zasloužila
Výzkum — 21.06.2023

Klinická proteomika

Výzkumné centrum, jaké si fakulta zasloužila

Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd a Univerzity Karlovy (BIOCEV) působí ve Vestci u Prahy už osmým rokem. Od počátku jde o unikátní výzkumnou platformu, špičkové vědecké pracoviště s mezinárodním přesahem. Počet publikací, patentů, průmyslových vzorů a prototypů centra BIOCEV roste, a i díky tomu je o něm v poslední době docela slyšet. 1. LF UK má v centru své laboratoře, které tvoří samostatný ústav vedený prof. Tomášem Stopkou. Vědecké skupiny centra navíc navazují spolupráci také s dalšími ústavy a klinikami 1. LF UK s cílem zrychlit zavádění nových technologií do klinické praxe. Aplikačních výstupů, které vzbuzují zájem i široké veřejnosti, bude pravděpodobně s postupujícím časem přibývat. V centru BIOCEV ale probíhá nejen výzkum, ale také pregraduální a postgraduální výuka. Studentům se tu snaží zajistit co nejlepší podmínky v přátelské atmosféře.

„Od 90. let 20. století bylo zřejmé, že naše fakulta by si se svým velkým vědeckým potenciálem ‚zasloužila‘ moderní výzkumné centrum se skvělým vybavením. Byl to v počátku možná i sen některých našich kolegů, kteří si vizionářsky uvědomovali, jak se světová věda vyvíjí,“ říká děkan 1. LF UK prof. Martin Vokurka a zároveň připomíná, že uskutečnění projektu BIOCEV nebylo snadné. „Idea společného výzkumného centra Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy v té době nebyla zdaleka samo zřejmá a hlavní město Praha navíc bylo vyloučeno z některých dotačních programů. Nakonec se však i díky vytrvalému úsilí prof. Milana Elledera, který se bohužel nedožil plné realizace, prof. Pavla Martáska, který se stal vědeckým ředitelem centra, a dalších kolegů z fakulty podařilo projekt zrealizovat,“ podotýká děkan 1. LF UK. Zde je nutné vyzdvihnout také bývalého děkana 1. LF UK prof. Aleksiho Šeda za jeho podporu tomuto projektu. Ve Vestci těsně za hranicemi Prahy díky společnému úsilí vyrostlo koncem roku 2015 vědecké centrum, které svou úrovní obstojí v mezinárodním srovnání.

Iniciátorem projektu BIOCEV byla Akademie věd, jeho koordinátorem zpočátku prof. Peter Šebo, je však rovněž nutné ocenit dlouholeté úsilí prof. Václava Hořejšího za jeho nezměrné úsilí projekt zrealizovat a dotáhnout. BIOCEV je společným centrem šesti ústavů Akademie věd ČR – Ústavu molekulární genetiky, Biotechnologického ústavu, Mikrobiologického ústavu, Fyziologického ústavu, Ústavu experimentální medicíny, Ústavu makromolekulární chemie – a dvou fakult Univerzity Karlovy v Praze – Přírodovědecké fakulty a 1. lékařské fakulty.

Dnes jde o etablované centrum excelentního základního výzkumu. Vědecká náplň je rozdělena do pěti programů – funkční genomika, buněčná biologie a virologie, strukturní biologie a proteinové inženýrství, biomateriály a tkáňové inženýrství a vývoj léčebných a diagnostických postupů.

Úroveň české vědy se podařilo pozvednout

„Kvalitní výsledky jsou závislé na dobrém přístrojovém vybavení, a hlavně na vzdělaných a chytrých lidech. Věda je dynamická a je těžké v ní uspět nejen výsledky, ale i v získáván prostředků na výzkum. BIOCEV měl na začátku štěstí v tom, že skupiny, které tam zamířily, mohly využívat granty pro startupy, získat vybavení, a ještě zde bylo pětileté období v rámci Národního plánu udržitelnosti. Během té doby se vyvíjelo i uspořádání a koncepce naší účasti v centru. Vznikl samostatný ústav fakulty, zatímco některé laboratoře zůstaly ve spojení s původními ústavy. Do centra BIOCEV přišly skupiny nové, některé se naopak přesunuly zpět do fakultních prostor,“ přibližuje podmínky vzniku prof. Vokurka.

Hlavním zdrojem finančních prostředků na budování centra BIOCEV byl Evropský fond regionálního rozvoje, ze kterého byly prostředky poskytnuty centru jako jednomu z evropských center excelence. „Díky národním a evropským investicím do velkých výzkumných center, jako je BIOCEV, se úroveň české vědy skutečně podařilo pozvednout. Naše týmy pravidelně publikují v předních časopisech, patentují své objevy, a významně tak přispívají k celkové prestiži nejen centra BIOCEV, ale i české vědy,“ zdůrazňuje vědecký ředitel centra BIOCEV prof. Pavel Martásek, který zároveň působí při Klinice pediatrie a dědičných poruch metabolismu 1. LF UK a VFN.

Důraz na mezinárodní přesah

V centru BIOCEV se klade důraz na integraci do projektu Evropského výzkumného prostoru a vůbec mezinárodní spolupráci. Prof. Martásek považuje zapojení do mezinárodních výzkumných konsorcií za zásadní. „Mezinárodní kooperace zvyšuje úroveň expertízy našich týmů, jejich efektivitu a posiluje i jejich význam a důležitost v rámci mezinárodního výzkumného prostoru,“ vyzdvihuje prof. Martásek, kterého kromě společných vědeckých projektů s různými akademickými a univerzitními týmy a zapojování centra do národních i mezinárodních programů těší, že do centra BIOCEV přichází také řada vědců ze zahraničí. Zahraniční partnerství a spolupráci má BIOCEV navázány s institucemi většiny evropských zemí, například s univerzitami v Lovani, Paříži, Oslo, Lundu, Curychu, Heidelbergu, Vídni, Varšavě, Krakově, Miláně, Římě, Barceloně a Madridu.

„Už během výstavby centra BIOCEV jsme se skupinou vybraných budoucích pracovníků navštívili řadu vybraných center či institucí a diskutovali o jejich práci a organizaci výzkumu. Díky tomu jsme navázali kontakty, které se postupně rozvíjely, některé až k podání společných projektů. V rámci tohoto programu jsme navštívili Biocentrum ve Vídni, EMBL Heidelberg, Institut Jacques Monod v Paříži, ústavy v Holandsku i Belgii, univerzity v Tel Avivu, Jeruzalémě, Beršebě a samozřejmě Weizmanův institut v Rechovotu,“ vypočítává prof. Martásek.

V České republice BIOCEV spolupracuje například s Technickou Univerzitou v Liberci, CEITEC v Brně, Ústavem translační medicíny v Olomouci, Biomedicinským centrem LF UK v Plzni nebo Jihočeským výzkumným centrum akvakultury a biodiverzity hydrocenóz (CENAKVA). Kromě toho centrum kooperuje i s dalšími projekty v České republice, komerčními subjekty i s regionálními a místními orgány. V bezprostřední blízkosti BIOCEV jsou již úspěšné české biotechnologické firmy.

Vědecké skupiny s mnoha úspěchy

V rámci BIOCEV 1. LF UK působí 12 vědeckých skupin (vědecké skupiny prof. Tomáše Stopky, doc. Jiřího Petráka, dr. Milana Jakubka, doc. Ondřeje Havránka, dr. Petera Drábera, dr. Miroslava Honse, dr. Radoslava Janoštiaka, dr. Zdeňka Kostroucha, prof. Karla Smetany, prof. Stanislava Kmocha, dr. Marie Zikánové, dr. Zory Mělkové, dr. Jiřího Zahradníka), které jsou zapojeny do zmíněných pěti výzkumných oblastí. Z dlouhého seznamu úspěchů můžeme jmenovat například výzkum a vývoj účinných protirakovinných látek, nových mechanismů nádorové rezistence leukemických buněk, rozpracování konceptu migrastatik, nanoformulaci řady léčiv nebo vývoj inhalačního léku proti covidu-19.

Biomedicínské týmy se účastní grantových soutěží a dlouhodobě pracují na společných projektech. Pracoviště spojuje teoretický a klinický výzkum a některé skupiny dokázaly své výsledky převést do praktické, a i komerčně využitelné sféry, což může přispět k dalšímu financování vědy. „Biomedicínský výzkum se v centru zdárně rozvíjí. Spolupráce s dalšími ústavy a klinikami 1. LF UK na nejrůznějších projektech je logickým krokem, pokud chceme výrazně zrychlit zavádění nových technologií do klinické praxe. Kromě klinik probíhá i spolupráce s čistě komerčními subjekty, jež vedly i k podání významných patentových přihlášek, konstatuje,“ prof. Martásek a dodává, že u každého výzkumného centra je několikaleté období od jeho otevření k plné produktivitě. Ne jinak je tomu i u centra BIOCEV. „I když je BIOCEV koncipován jako instituce základního výzkumu, vždy, dříve nebo později, přijdou aplikace. V současné době máme přes dvě desítky patentů, průmyslových vzorů a prototypů,“ zmiňuje prof. Martásek.

V časopise Jednička si čtenáři mohli v minulých číslech přečíst o řadě vědeckých skupin BIOCEV 1. LF UK (www.lf1.cuni.cz/jednicka-ve-vede). V aktuálním čísle se představuje na straně 11 vědecká skupina doc. Jiřího Petráka. Zatím poslední vědeckou skupinou, která v centru BIOCEV při 1. LF UK vznikla, je virologická skupina dr. Jiřího Zahradníka. S rozvojem virologie se v centru počítalo od začátku, když vznikla laboratoř typu „biosafety level 2“ (BSL2), která se mimo jiné významně účastnila dění na začátku pandemie covidu-19, protože pomáhala i při zavádění testování na virus SARS-CoV-2.

Její vznik přibližuje přednosta ústavu BIOCEV 1. LF UK prof. Tomáš Stopka. „Tým, který v rámci rozvoje virologického programu zahájil svou činnost na podzim roku 2022, vede dr. Jiří Zahradník, kterého jsme otevřeným výběrovým řízením získali po jeho dlouholeté stáži na Weizmannově institutu věd v Izraeli. Dr. Zahradník získal na rozjezd laboratoře prestižní grant Univerzity Karlovy Primus, tak jako všichni noví vedoucí vědeckých skupin, které jsme postupně pro BIOCEV získali. Dr. Zahradník se také se zapojil do projektu Národního institutu virologie a bakteriologie projektu Exceles, přičemž získal prestižní místo pro nově vznikající vědeckou skupinu v oblasti výzkumu covidu-19. S tím též souvisí i aktuálně probíhající přestavba původně BSL2 na BSL3, jež bude splňovat vyšší kritéria pro práci s nebezpečnými viry,“ vysvětluje prof. Stopka.

Vzdělávání a výuka nedílnou součástí centra

Výzkumná činnost centra BIOCEV 1. LF UK je propojena se vzděláváním a výukou postgraduálních studentů. Také zde probíhají semináře v rámci předmětu Biomedicína & Biotechnologie pro pregraduální studenty. V centru je možné absolvovat stáže a probíhá zde také nábor Ph.D. studentů. „Nábor probíhá společnou formou, tj. za účasti všech klíčových partnerů pod jednou střechou. Ph.D. kandidáti tak mají možnost se seznámit s preferovanými vedoucími a promluvit si s nimi,“ popisuje prof. Tomáš Stopka a dodává, že na stránkách centra BIOCEV v podsložce „vzdělávání“ je vše jednoduše sděleno a je zde i formulář, kde si kandidát může zatrhnout laboratoře, které ho zajímají.

„Výsledkem je to, že jak kandidát, tak i školitel mají více možností a vyberou si skutečně toho, kdo splňuje jejich představy. Doktorské studium je totiž velmi náročné a především na začátku je zapotřebí mít velkou motivaci a přesvědčení. Snažíme se doktorandům zajistit co nejlepší podmínky pro jejich studium a interakce v rámci celého centra BIOCEV, jež patří mezi špičková vědecká centra, kde zároveň vládne přátelská atmosféra,“ uzavírá přednosta BIOCEV 1. LF UK.

Autor: Lukáš Malý

Článek vyšel v magazínu Jednička (1. LF UK), 1/2023

Aktuality