Buněčné funkce proteinů účastnících se drah proteasom-ubikvitinového systému ve vztahu k nádorovému bujení

Buněčné funkce proteinů účastnících se drah proteasom-ubikvitinového systému ve vztahu k nádorovému bujení

Mgr. Klára Grantz Šašková, Ph.D.

Mgr. Klára Grantz Šašková, Ph.D. — Vedoucí projektu

O nás

Projekt studuje funkce proteasomálních proteinových receptorů ve vztahu k intracelulární proteolyse a poruchám DNA. U vybraných proteinů účastnících se proteasomální degradace budou připraveny KO myši a bude studován jejich fenotyp.

S využitím strukturní biologie se zaměřujeme na možné cíle terapeutického zásahu a otestujeme knihovny malých molekul jakožto potencionálních protinádorových terapeutik na bázi inhibice proteasomální degradace proteinů. Je též studována možnost cíleně dopravovat specifické nukleasy do jádra buněk pro genovou terapii nádorů.

Cíle:

  • Prostudovat funkci „DNA damage-inducible protein“ a to jak obou lidských homologů, tak i orthologů z nišších eukaryot a myši. Identifikovat jejich potenciální substráty a vazebné partnery, vyřešit 3D strukturu jednotlivých domén i celých proteinů a zaměřit se na proteasomální receptory jako možné kandidáty pro vývoj nových protinádorových terapeutik.
  • Vyvinout metodu využívající nanostruktur cílených pomocí malých ligandů na specifické buňky a nesoucích nukleasu k řízeným úpravám genetické informace využitelnou v protinádorové terapii.

Více informací naleznete na webu ZDE

Aktuality

Publikace

2019

Ramirez, J.; Lectez, B.; Osinalde, N.; Siva, M.; Elu, N.; Aloria, K.; Prochazkova, M.; Perez, C.; Martinez-Hernandez, J.; Barrio, R.; Grantz Saskova, K.; Arizmendi, JM.; Mayor, U. Quantitative proteomics reveals neuronal ubiquitination of Rngo/Ddi1 and several proteasomal subunits by Ube3a, accounting for the complexity of Angelman syndrome. Human Molecular Genetics 2019, 27 (11),1955-1971. DOI: 10.1093/hmg/ddy103

Srb, P.; Svoboda, M.; Benda, L.; Lepšík, M.; Tarábek, J.; Šícha, V.; Grüner, B.; Grantz Šašková, K.; Brynda, J.; Řezáčová, P.; Konvalinka, J.; Veverka V. Capturing a dynamically interacting inhibitor by paramagnetic NMR spectroscopy. Physical Chemistry Chemical Physics 2019, 21(10), 5661-5673. DOI: 10.1039/C9CP00416E

Svoboda, M.; Trempe, J.-F.; Konvalinka, J.; Grantz Šašková*, K. The yeast proteases Ddi1 and Wss1 are both involved in the DNA replication stress response. DNA Repair 2019, 50, 45-51, DOI: doi.org/10.1016/J.DNAREP.2019.06.008

2016

Machara, A.; Lux, V.; Kozisek, M.; Grantz Saskova, K.; Stepanek, O.; Kotora, M.; Parkan, K.; Pavova, M.; Glass, B.; Sehr, P.; Lewis, J.; Muller, B.; Krausslich, H.-G.; Konvalinka, J., Specific Inhibitors of HIV Capsid Assembly Binding to the C-Terminal Domain of the Capsid Protein: Evaluation of 2-Arylquinazolines as Potential Antiviral Compounds. J Med Chem 2016, 59 (2), 545-58. DOI: 10.1021/acs.jmedchem.5b01089

 

Siva, M.; Svoboda, M.; Veverka, V.; Trempe, J.-F.; Hofmann, K.; Kozisek, M.; Hexnerova, R.; Sedlak, F.; Belza, J.; Brynda, J.; Sacha, P.; Hubalek, M.; Starkova, J.; Flaisigova, I.; Konvalinka, J.; Grantz Saskova, K.*, Human DNA-Damage-Inducible 2 Protein Is Structurally and Functionally Distinct from Its Yeast Ortholog. Sci Rep 2016, 6, 30443. DOI: 10.1038/srep30443

Trempe, J.-F.; Saskova, K. G.; Siva, M.; Ratcliffe, C. D. H.; Veverka, V.; Hoegl, A.; Menade, M.; Feng, X.; Shenker, S.; Svoboda, M.; Kozisek, M.; Konvalinka, J.; Gehring, K., Structural studies of the yeast DNA damage-inducible protein Ddi1 reveal domain architecture of this eukaryotic protein family. Sci Rep 2016, 6, 33671. DOI: 10.1038/srep33671