Regulatory mechanisms of C2-WW-HECT E3 ubiquitin ligases and the role of protein-protein interactions in their regulation

PhD Program

RNDr. Veronika Obšilová, Ph.D.

RNDr. Veronika Obšilová, Ph.D.

Fyziologický ústav AV ČR

O nás

PhD program v centru BIOCEV je součástí postgraduálního studia v oborech biotechnologií a biomedicíny, ve kterém jsou v rámci centra BIOCEV sdruženy laboratoře fakult Univerzity Karlovy (1. lékařské a Přírodovědecké fakulty) a Biotechnologického ústavu AV ČR spolu s laboratořemi dalších pěti ústavů Akademie věd ČR - Ústavu molekulární genetiky, Mikrobiologického ústavu, Fyziologického ústavu, Ústavu experimentální medicíny a Ústavu makromolekulární chemie.

Vědečtí a odborní pracovníci centra BIOCEV kromě výzkumné práce přímo vedou nejen PhD studenty, jichž v současné době pracuje v BIOCEV přes 150, ale podílejí se i na vzdělávání studentů jak bakalářského, tak magisterského studia. Ve více než 50 laboratořích v centru BIOCEV se studenti pod vedením zkušených odborníků učí experimentálním technikám a metodikám vědecké práce s kterými najdou uplatnění v širokém spektru odborné vědecké práce.

Cílem postgraduální výuky je osvojení si nových a detailních znalostí ve zvoleném oboru, ale též získání praktických laboratorních dovedností včetně plánování, provedení a zhodnocení vědeckého pokusu, psaní vědeckých publikací či studentských výzkumných projektů. Podobně důležitým je také učení se prezentace vlastních vědeckých výsledků a v neposlední řadě rozvoj kritického myšlení.

Aktuality

Praktické info

Zájemce o PhD studium v rámci některého z otevřených PhD projektů v centru BIOCEV musí po dohodě se svým možným budoucím školitelem/školitelkou podat formální přihlášku k PhD studiu Biomedicíny (obvykle do konce dubna) a následně pak úspěšně projít přijímacím řízením před PhD komisí (obvykle v průběhu června).

Přijatí uchazeči o PhD studium začínají své studium ve vybraném biomedicínském PhD programu v rámci Přírodovědecké fakulty UK nebo některé z lékařských fakult UK. Třebaže se vybrané obory mohou odlišovat svými specifickými požadavky na studenty, všichni nastupující PhD studenti musí v koordinaci se svým školitelem sestavit individuální studijní plán zahrnující vybrané přednášky, kurzy, prezentace na studentských, případně národních, či mezinárodních konferencích, přípravu a zaslání rukopisů k recenznímu řízení a v neposlední řadě pak absolvování doktorské zkoušky před oborovou komisí.

PhD studium je obvykle 4-leté a je po tuto dobu zčásti financováno PhD stipendiem od příslušné fakulty, zčásti pak zaměstnaneckým kontraktem s pracovištěm školitele, přičemž maximální délka studia je 9 let. Pro úspěšné ukončení PhD studia je nezbytná alespoň jedna prvoautorská publikace v recenzovaném časopise s odpovídajícím impakt faktorem (případně další spoluautorské publikace) a úspěšná obhajoba PhD teze. Konkrétní povinnosti jsou však popsány příslušnými oborovými radami, které organizují jednotlivé studijní obory.

Regulatory mechanisms of C2-WW-HECT E3 ubiquitin ligases and the role of protein-protein interactions in their regulation

Nedd4-2 is a HECT E3 ligase that plays a critical role in pathophysiology by regulating multiple substrates, including the epithelial sodium channel (ENaC). Pathological consequences of Nedd4-2 dysregulation include respiratory distress, hypertension, electrolyte imbalance, and kidney disease. In addition to the not yet fully elucidated Ca2+ -dependent regulation of Nedd4-2, Nedd4-2 is regulated via phosphorylation and binding to various binding partners including scaffolding proteins 14-3-3. 14-3-3 proteins have the ability of binding the functionally different signal proteins, including kinases, phosphatases and transmembrane receptors by changing their function.

The aim of this project is to elucidate the regulatory mechanism human (Smurf1, Nedd4L), yeast (Rsp5) HECT E3 ubiquitin ligases and to understand the role protein-protein interactions in their regulation. For this purpose, the structure of Nedd4L, Smurf1, Rsp5 complexes with different binding partners (ClC-5, 14-3-3 proteins, arrestins) will be studied using integrative structural biology methods, in particular cryo-EM, SAXS, H/D exchange coupled to MS and chemical crosslinking coupled to MS. The structure of these complexes will be solved by combining the results of experimental methods and methods of structural bioinformatics (if needed).

The activity of E3 ligases will be measured using liposome-binding, pulse-chase and autoubiquitination assays. Combined, these approaches will allow us to elucidate regulatory mechanisms of Nedd4-like E3 ubiquitin ligases. This is a project in the field of structural biology and biophysical chemistry of proteins and is funded by grants from the research group. Cooperation with the Faculty of Science, Charles University in Prague.

Přihláška

Prvním krokem je vybrat si PhD projekt/-ty a tím laboratoř/-e, kde by uchazeč o PhD studium měl zájem absolvovat PhD studium. Uchazeč následně musí vyplnit níže uvedenou on-line Přihlášku a odeslat ji. Vyplněnou přihlášku obdrží zadavatel/zadavatelé PhD projektů, který/kteří pak podle svého uvážení budou kontaktovat uchazeče o daný PhD projekt a domluví se na dalším postupu (např. online interview atd.). V případě oboustranného zájmu pak uchazeč po dohodě se zadavatelem projektu podá formální přihlášku o PhD studium k příslušné oborové radě, u které poté absolvuje vlastní pohovor (obvykle v červnu) o přijetí k PhD studiu. Termínem pro podání přihlášky v rámci centra BIOCEV je 28.2.2024, po přijetí k vybranému projektu je nutné podat přihlášku ke studiu k příslušnému studijnímu oboru do 30.4.2024 v rámci fakult Univerzity Karlovy (program biomedicína).

Considered PhD positions ?
Undergraduate education
Graduate (Master’s degree)
Exams & Grades ? Final examination(s) for the Master's degree
Indicate grading system ?
Research experience and skills
?
?
Additional reference
Achievements ?
Something about yourself ?
gdpr      

Kontakty

RNDr. Ladislav Anděra, CSc. RNDr. Ladislav Anděra, CSc.

RNDr.
Ladislav Anděra, CSc.

Koordinátor PhD programu BIOCEV

ladislav.andera@ibt.cas.cz
+420325873796
Mgr. Petr Solil, DiS. Mgr. Petr Solil, DiS.

Mgr.
Petr Solil, DiS.

Vedoucí komunikace a tiskový mluvčí

petr.solil@ibt.cas.cz
+420325873143
RNDr. Kristýna Pimková, Ph.D. RNDr. Kristýna Pimková, Ph.D.

RNDr.
Kristýna Pimková, Ph.D.

Research Associate & Deputy Head

kristyna.pimkova@lf1.cuni.cz
+420325873026, +420325873039