Výzkumníci přehodnocují účinnost metody dvou dárců u CRISPR-Cas9
Služby — 30.10.2019

České centrum pro fenogenomiku

Výzkumníci přehodnocují účinnost metody dvou dárců u CRISPR-Cas9

Využívání nástrojů editace genomu, jako je CRISPR-Cas9, způsobilo převrat v oborech biomedicínského výzkumu. Tato technologie editace genomu je účinnější náhradou běžné metody založené na embryonálních kmenových buňkách pro generování knockout myší. Přesto je nezbytné přezkoumat, zda je zavedená běžná metoda reprodukovatelná a účinná.

Pokud jde o reprodukovatelnost, je nutné poznamenat, že důkazy z koncepčních dokumentů ke generaci cKO myší použily k prokázání účinnosti dané metody nedostatečné soubory údajů. Pro stanovení účinnosti metody dvou dárců provedli vědci v BIOCEV společně s dvaceti dalšími mezinárodními výzkumnými týmy opětovné posouzení výsledků. K tomu kromě testování novější metody jednoho dárce použili statistické analýzy a algoritmy strojového učení.

Na základě vyhodnocení svých výsledků došli autoři studie k závěru, že metoda jednoho dárce je účinnější než běžná metoda dvou dárců. To lze vysvětlit porovnáním událostí, jež nastaly v průběhu provádění metody dvou dárců v porovnání s metodou jednoho dárce. Metoda dvou dárců se opírá o dvě souběžné události rekombinace u cis. Metoda jednoho dárce se naopak opírá o jednu událost rekombinace, která zvyšuje pravděpodobnost, že při vložení kazety dárce nedojde k žádné neočekávané události mutace. Znamená to tedy, že metoda jednoho dárce by mohla představovat účinnější přístup k generaci cKO zvířecích modelů

Výzkum ilustruje, že je nezbytné, aby soubory dat a publikovaných metod podléhaly kontrole širší vědecké veřejnosti v zájmu nastavení přesnějších přístupů. Vzhledem k tomu, že technologie CRISPR-Cas9 se vyvíjí směrem od laboratorního výzkumu ke klinickým studiím, jsou výzkum a spolupráce tohoto druhu zásadní.

Původní studie:

Gurumurthy, Channabasavaiah B. a kol. (2019) Reprodukovatelnost metod CRISPR-Cas9 pro generaci podmíněných alel u myši: Multicentrální vyhodnocení. Genome Biology, 20-1 https://doi.org/10.1186/s13059-019-1776-2

Aktuality