OMICS Genomika

OMICS Genomika

RNDr. Štěpánka Hrdá

RNDr. Štěpánka Hrdá — Vedoucí laboratoře

Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

O nás

CF OMICS – GENOMIKA poskytuje servisní služby v oblasti sekvenace DNA a fragmentační analýzy DNA. S klasickým Sangerovým sekvenováním a metodami fragmentační analýzy máme dlouholeté zkušenosti, samostatná Laboratoř sekvenace DNA vznikla na Přírodovědecké fakultě UK již v roce 2003 

Stránky laboratoře sekvenace DNA naleznete ZDE

Dále nabízíme:

  • čtečku čipů (microarray scanner) Axon GenePix
  • služby sekvenování druhé generace (NGS, Next-generation sekvenování) na platformě MiSeq, Illumina.
  • kontrolu kvality DNA a RNA a knihoven pro NGS pomocí spektrofotometru Nanodrop, fluorometru Quantus, Bioanalyzéru Agilient a metodami qPCR.
  • přípravu některých typů knihoven pro NGS (v současné době máme k dispozici TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit, Illumina).

 

Aktuality

Služby

Naše laboratoř poskytuje následující služby: Sangerovo sekvenování DNA, fragmentační analýza DNA, sekvenování druhé generace (NGS), příprava DNA a RNA knihovny pro NGS a stanovení kvality a kvantity DNA a RNA

Služby

01

Sangerovo sekvenování DNA
02

Fragmentační analýza DNA
03

Sekvenování druhé generace (NGS)

Vybavení

Naše přístroje

Bioanalyzér 2100, Agilent

Bioanalyzér 2100, Agilent

Zařízení na kontrolu kvality nukleových kyselin.

k dispozici jsou kity:

a) High Sensitivity DNA kit – pro kontrolu kvality DNA fragmentů a DNA knihoven ve velikosti 50-7000 bp. Tento kit obzvlášť slouží ke kontrole kvality a monitorování kritických kroků při přípravě knihoven pro NGS. Výhodou je vysoké citlivost (detekce už 5 pg/µl) a minimální spotřeba materiálu (pouze 1 µl vzorku).

b) DNA 12000 – pro analýzu dsDNA fragmentů od 100-12000 bp

c) RNA 6000 Nano – pro analýzu celkové RNA a mRNA v koncentraci 25-500 ng/µL. Poskytuje informace o stupni degradace celkové RNA (RIN).

 

Přístroj je umístěn v místnosti M1.023.

Spektrofotometr Nanodrop 2000 UV-Vis spectrophotometr, Thermo Scientific

Spektrofotometr Nanodrop 2000 UV-Vis spectrophotometr, Thermo Scientific

Spektrofotometr pro rychlou kontrolu kvantity a kvality DNA a RNA.

  • potřeba jen 1,5 – 2 ul
  • použití vlastních špiček
  • přístroj je na internetu

umístění v M1.023, na vyžádání zapůjčíme přístupovou kartu

Fluorometr Quantus, Promega

Fluorometr Quantus, Promega

Přístroj na kontrolu kvantity nukleových kyselin.

k dispozici jsou kity:

  • dsDNS,
  • ssDNA,
  • RNA

umístění v M1.023

LightCycler 480 Real-TimePCR, Roche

LightCycler 480 Real-TimePCR, Roche

kontrola kvantity DNA knihovny pro Next-Generation sekvenování metodou qPCR pomocí NEBNext® Library Quant Kit for Illumina®

ve spolupráci s laboratoří Doc. Mgr. Pavla Stopky, Ph.D.

umístění v A2.037

M220 Focused-ultrasonicator™, Covaris

M220 Focused-ultrasonicator™, Covaris

Přístroj slouží k fragmentování DNA pro Next-Generation sekvenování.

umístění v M1.023

Čtečka čipů GenePix 4000B, Axon

Čtečka čipů GenePix 4000B, Axon

Čtečka pro detekci fluorescenčních signálů z DNA čipů.

Přístroj je provozován ve spolupráci s laboratoří Prof. Zdeny Palkové, Ph.D.

umístění v L1.009

Ceník

Curabitur aliquet quam id dui posuere blandit. Curabitur non nulla sit amet nisl tempus convallis quis ac lectus. Curabitur non nulla sit amet nisl tempus convallis quis ac lectus. Vivamus magna justo, lacinia eget consectetur sed, convallis at tellus. Nulla porttitor accumsan tincidunt. Sed porttitor lectus nibh.

 

stáhnout ceník

Publikace

2017

Bhattacharyya T, Gregorova S, Mihola O, Anger M, Sebestova J, Denny P, Simecek P, Forejt J.: Mechanistic basis of infertility of mouse intersubspecific hybrids. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Jan 17.

Youngson N.A., Epp T., Roberts A.R., Daxinger L., Ashe A., Huang E., Lester K.L., Harten S., Kay G.F., Cox T., Matthews J.M., Chong S. and Whitelaw E.: No evidence for cumulative effects in a Dnmt3b hypomorph across multiple generations. 2013. Mammalian Genome.

Laššuthová P, Gregor M, Sarnová L, Machalová E, Sedláček R, Seeman P: Clinical, In Silico, and Experimental Evidence for Pathogenicity of Two Novel Splice Site Mutations in the SH3TC2 Gene. J Neurogenet 2012 26(3-4): 413-20. [pubmed] [doi]

2016

Kasparek P, Krenek P, Buryova H, Suchanova S, Beck IM, Sedlacek R: Transgenic mouse model expressing tdTomato under involucrin promoter as a tool for analysis of epidermal differentiation and wound healing. Transgenic Res 201221(3): 683-9. [pubmed] [doi]

Fafilek B, Krausova M, Vojtechova M, Pospichalova V, Tumova L, Sloncova E, Huranova M, Stancikova J, Hlavata A, Svec J,Sedlacek R, Luksan O, Oliverius M, Voska L, Jirsa M, Paces J, Kolar M, Krivjanska M, Klimesova K, Tlaskalova-Hogenova H,Korinek V: Troy, a Tumor Necrosis Factor Receptor Family Member, Interacts With Lgr5 to Inhibit Wnt Signaling in Intestinal Stem Cells. Gastroenterology 2012. [pubmed] [doi]

Jirouskova M, Zbodakova O, Gregor M, Chalupsky K, Sarnova L, Hajduch M, Ehrmann J, Jirkovska M, Sedlacek R: Hepatoprotective Effect of MMP-19 Deficiency in a Mouse Model of Chronic Liver Fibrosis. PLoS One 2012 7(10): e46271. [pubmed] [doi]