BIOCEV in Media: S Karlem Chalupským o Českém centru pro fenogenomiku

Můžete nám představit projekt, na kterém nyní pracujete?

Naše laboratoř je součástí Českého centra pro fenogenomiku (CCP), což je největší národní medicínská nedistribuovaná výzkumná infrastruktura. Organizačně je CCP součástí Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. a projektu BIOCEV (Biomedicínské a biotechnologické centrum AV ČR a Univerzity Karlovy v Praze). CCP jako celek poskytuje jak české, tak zahraniční vědecké komunitě široké spektrum služeb v oblasti genetického inženýrství.

Můžeme sem zařadit tvorbu geneticky modifikovaných myších modelů pomocí embryonální manipulace i nejnovějších technologií využívajících programovatelné nukleázy (TALEN a CRISPR/Cas), kryo-archivaci a distribuci myších modelů, včetně importu a exportu a také pokročilé fenotypování vlivu zkoumaných genů. CCP nabízí rovněž chovy transgenních modelů v SPF (specific pathogen free) kvalitě a poskytuje otevřený i placený přístup k těmto službám (open access). Své kapacity a portfolio nabízených servisních činností CCP stále rozšiřuje.

Je tento výzkum propojen se zahraničím?

CCP se v rámci svého členství v ESFRI infrastruktuře (The European Strategy Forum on Research Infrastructures) INFRAFRONTIER a v celosvětovém IMPC (International Mouse
Phenotyping Consortium ) podílí na systematické analýze funkce genů. Snahou tohoto
výzkumu je vytvořit souhrnnou „encyklopedii“ genetických funkcí, které pomohou identifikovat kauzální faktory způsobující lidská onemocnění spolu s identifikací nových potencionálních cílů pro terapeutické intervence. Tento globální cíl, na němž se podílí neprestižnější světové instituce v oboru, je v podstatě jedním z v současné době nejambicióznějších biomedicínských projektů, který by svým významem předčil i známý „human genome projekt“, jelikož bychom díky němu měli znát základní funkce téměř všech savčích genů, včetně lidských.

Proč je biochemie začleněna do CCP?

Modul fenotypování v rámci CCP je vlastně jakási klinika, která u svých „pacientů“ (transgenní myší modely) zkoumá, jaký vliv má daná mutace genu, nebo jeho úplná delece na hlavní fyziologické systémy organismu. Zde hrají biochemické parametry klíčovou roli. Mohou poukázat na dysfunkci metabolismu, imunitního systému a dalších fyziologických celků. Proto jsou v naší biochemické jednotce instalovány stejné nebo velmi podobné přístroje, jaké lze najít také v nemocnicích.

Jaký byl Váš první kontakt s automatickým biochemickým analyzátorem AU 480?

S biochemickým systémem AU 480 jsem se poprvé setkal na nejbližší „myší klinice“
– German Mouse Clinic, která se nachází v Mnichově a je vybavena tímto analyzátorem.
Shodné přístrojové vybavení umožňuje pracovat na podobné platformě. To je podstatné pro standardizaci výstupů mezi všemi mezinárodními partnery. Probíhá mezi námi výměna pracovních metod a postupů zpracování dle dohodnutých standardů mezinárodních konsorcií, jichž jsme členy. Otevřený systém navíc umožňuje vkládat vlastní metody, což je v případě veterinárních vzorků důležité.

Co konkrétně na AU 480 měříte?

Primárním screenem laboratorních zvířecích modelů je analýza krve včetně hemoanalýzy.
Dále měříme ionty, metabolity, enzymovou aktivitu. Sekundárním screenem je analýza
specifických proteinů a cytokinů pomocí multiplexové analýzy. Další měření jsou tvořena na zakázku a odvíjí se od vyžádaných specifických požadavků uživatelů našeho servisu.

Kdo jsou vaši uživatelé?

Našich služeb využívá široká vědecká komunita, která analyzuje zvířecí modely, především pracoviště základního výzkumu. Těší nás, že v roce 2014 představovala přibližně 1/3 uživatelů našich služeb zahraniční pracoviště. Jejich počet navíc stále narůstá, což znamená, že jsme schopni konkurovat již zavedeným centrům ze západní Evropy či USA. Používáme moderní postupy (malé objemy krve, menší množství opakovaných měření atd.), a tím i menší množství pokusných zvířat. Což je také obecným cílem podobného výzkumu.

Kde se nyní CCP nachází?

CCP se momentálně se nachází v prostorách Ústavu molekulární genetiky ve Vestci u Prahy, nedaleko nově stavěného kampusu projektu BIOCEV. V našich prostorách jsou již v provozu první dvě fenotypizační jednotky (biochemická a histopatologická ), které přijímají vzorky pro zpracování. Letos se k nim přidají všechny další plánované jednotky, včetně např. imunologie nebo celotělového zobrazování. V provozu je také transgenní a archivační modul, jenž připravuje myší modely, a modul zvěřince. Plná funkčnost CCP by měla být dosažena koncem tohoto roku, kdy se hlavní část CCP přestěhuje do vlastní budovy v rámci kampusu BIOCEV.

Zdroj: Informační magazín IN VITRO DIAGNOSTIKA 28-2015