Intermolekulární rozpoznávání proteinů a nukleových kyselin

Intermolekulární rozpoznávání proteinů a nukleových kyselin

doc. Ing. Bohdan Schneider, CSc.

doc. Ing. Bohdan Schneider, CSc. — Vedoucí projektu

O nás

Projekt je zaměřen na studium interakcí  a rozpoznávání biomolekul - především proteinů a nukleových kyselin - na rozlišení jejich specifických a nespecifických interakcí a studium možností cílené modifikace specificity nebo afinity těchto interakcí. Projekt je provázán s projektem Strukturní bioinformatika proteinů, studovány jsou především proteiny imunitního systému, zejména cytokiny.

Cíle:

  • Vysvětlení specificity interakce proteinů a DNA pomocí analýzy termodynamických, kinetických a strukturních dat
  • Modifikace interakčních partnerů vedoucí k cílené změně afinity a specificity tvorby biomolekulárních komplexů

Více informací o laboratoři na stránkách Laboratoře (anglicky) a Biotechnologického ústavu

Aktuality

Publikace

2015

Jiri Cerny, Lada Biedermannova, Pavel Mikulecky, Jiri Zahradnik, Tatsiana Charnavets, Peter Sebo & Bohdan Schneider: Redesigning protein cavities as a strategy for increasing affinity in protein-protein interaction. Interferon-Îł receptor 1 as a model. BioMed Research International 2015: 716945 (2015). doi: 10.1155/2015/716945.

Tatsiana Charnavets, Jaroslav Nunvar, Iva Necasova, Jens Voelker, Kenneth J. Breslauer & Bohdan Schneider: Conformational Diversity of Single-stranded DNA from Bacterial Repetitive Extragenic Palindromes: Implications for the DNA Recognition Elements of Transposases. Biopolymers, in press (2015). doi: 10.1002/bip.22666.

2014

Bohdan Schneider, Jean-Christophe Gelly, Alexandre G. de Brevern & Jiri Cerny: Local dynamics of proteins and DNA evaluated from crystallographic B-factors. Acta Crystallographica D 70: 2413 (2014). doi:10.1107/S1399004714014631.

Bohdan Schneider, Jiri Cerny, Daniel Svozil, Petr Cech, Jean-Christophe Gelly & Alexandre G. de Brevern: Bioinformatic analysis of the protein/DNA interface. Nucleic Acids Res. 42, 3381-3394 (2014). doi: 10.1093/nar/gkt1273.

Tým

Gustavo Fuertes Vives

Gustavo Fuertes Vives

Vedoucí skupiny Dynamika biologických procesů

gustavo.fuertes@ibt.cas.cz
+420325873739
doc. Ing. Bohdan Schneider, CSc.

doc. Ing.
Bohdan Schneider, CSc.

Vedoucí výzkumného programu Strukturní biologie a proteinové inženýrství, Vedoucí skupiny Intermolekulární rozpoznávání proteinů a nukleových kyselin

bohdan.schneider@ibt.cas.cz
+420325873766

RNDr.
Lada Biedermannová, Ph.D.

lada.biedermannova@ibt.cas.cz
+420325873789
Chaudhari Aditya Suresh

Chaudhari Aditya Suresh

chaudhari.adityasuresh@ibt.cas.cz

Mgr.
Ngoc Pham Phuong

phuong@ibt.cas.cz
+420325873739