Dynamika biologických procesů

Dynamika biologických procesů

Gustavo Fuertes Vives

Gustavo Fuertes Vives — Vedoucí projektu

O nás

Projekt je zaměřen na analýzu ultra-rychlé dynamiky (< 10 pikosekund) biologických molekulárních systémů za použití unikátních pulzních zdrojů ionizačního záření infrastruktury ELI Beamlines.

Projekt je úzce provázán s projekty 3.6 při komplexní biofyzikální charakterizaci studovaných systémů a s projektem 3.9 při interpretaci změřených dat kvantově mechanickými a jinými počítačovými modely.

 

Cíle:

  • Mechanistické vysvětlení korelace mezi dynamikou a funkcemi studovaných systémů korelací strukturních změn s jejich časovým průběhem
  • Vysvětlení mechanismů ionizačního poškození proteinů a nukleových kyselin

Více informací o skupině naleznete na anglické verzi stránek.

Publikace

2018

Schneider B, Boaeikova P, Necasova I, Cech P, Svozil D, Cerny J. A DNA structural alphabet provides new insight into DNA flexibility. Acta Crystallogr D Struct Biol. 2018;74(Pt 1):52-64. Epub 2018/01/27. doi: 10.1107/S2059798318000050.

Zahradnik J, Kolenko P, Palyzova A, Cerny J, Kolarova L, Kyslikova E, et al. The crystal structure of XdpB, the bacterial old yellow enzyme, in an FMN-free form. PLoS One. 2018;13(4):e0195299. Epub 2018/04/10. doi: 10.1371/journal.pone.0195299.

2017

Fuertes G, Banterle N, Ruff KM, Chowdhury A, Mercadante D, Koehler C, et al. Decoupling of size and shape fluctuations in heteropolymeric sequences reconciles discrepancies in SAXS vs. FRET measurements. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017;114(31):E6342-E51. Epub 2017/07/19. doi: 10.1073/pnas.1704692114.

Schneider B, Bozikova P, Cech P, Svozil D, Cerny J. A DNA Structural Alphabet Distinguishes Structural Features of DNA Bound to Regulatory Proteins and in the Nucleosome Core Particle. Genes (Basel). 2017;8(10). Epub 2017/10/24. doi: 10.3390/genes8100278.

Nguyen HTH, Andrikopoulos PC, Bim D, Rulisek L, Dang A, Turecek F. Radical Reactions Affecting Polar Groups in Threonine Peptide Ions. Journal of Physical Chemistry B. 2017;121(27):6557-69. doi: 10.1021/acs.jpcb.7b04661.

Liu Y, Guchhait B, Siebert T, Fingerhut BP, Elsaesser T. Molecular couplings and energy exchange between DNA and water mapped by femtosecond infrared spectroscopy of backbone vibrations. Struct Dyn. 2017;4(4):044015. Epub 2017/04/14. doi: 10.1063/1.4980075.

2016

Crosas E, Castellvi A, Crespo I, Fulla D, Gil-Ortiz F, Fuertes G, et al. Uridine as a new scavenger for synchrotron-based structural biology techniques. J Synchrotron Radiat. 2017;24(Pt 1):53-62. Epub 2016/12/24. doi: 10.1107/S1600577516018452.

2015

Cerny, Jiri; Biedermannova, Lada; Mikulecky, Pavel; Zahradnik, Jiri; Charnavets, Tatsiana; Sebo, Peter; Schneider, Bohdan; Redesigning Protein Cavities as a Strategy for Increasing Affinity in Protein-Protein Interaction: Interferon-gamma Receptor 1 as a Model; BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL; 10.1155/2015/716945; 2015; IF = 1.579

Tým

Gustavo Fuertes Vives

Gustavo Fuertes Vives

Vedoucí skupiny Dynamika biologických procesů

gustavo.fuertes@ibt.cas.cz
+420325873739
doc. Ing. Bohdan Schneider, CSc.

doc. Ing.
Bohdan Schneider, CSc.

Vedoucí výzkumného programu Strukturní biologie a proteinové inženýrství, Vedoucí skupiny Intermolekulární rozpoznávání proteinů a nukleových kyselin

bohdan.schneider@ibt.cas.cz
+420325873766
Chaudhari Aditya Suresh

Chaudhari Aditya Suresh

chaudhari.adityasuresh@ibt.cas.cz