Charakterizace proteinové struktury pokročilou hmotnostní spektrometrií

Charakterizace proteinové struktury pokročilou hmotnostní spektrometrií

RNDr. Petr Novák, Ph.D.

RNDr. Petr Novák, Ph.D. — Vedoucí projektu

O nás

Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace je multidisciplinárním týmem, jehož tematické zaměření je rozděleno do dvou hlavních směrů.

Strukturně biologická skupina produkuje proteiny pomocí rekombinantních expresních technologií a charakterizuje strukturu a dynamiku proteinů nebo komplexů proteinu s ligandem pomocí pokročilé hmotnostní spektrometrie.

Skupina buněčné signalizace zkoumá propojení buněčné signalizace na metabolismus rakovinných buněk za použití molekulárně-biologických a biochemických metod.

Skrze spolupráci obou skupin vzniká jedinečná výzkumná platforma, kde výsledky získané studiem biologických systémů mohou být ověřeny a vysvětleny na molekulární úrovni.

Více informací na http://peterslab.org/

 

Publikace

2018

Škerlová J, Bláha J, Pachl P, Hofbauerová K, Kukačka Z, Man P, Pompach P, Novák P, Otwinowski Z, Brynda J, Vaněk O, Řezáčová P (2018): Crystal structure of native β-N-acetylhexosaminidase isolated from Aspergillus oryzae sheds light onto its substrate specificity, high stability, and regulation by propeptide. FEBS J. 2018 Feb; 285(3): 580-598

Rozbesky D, Rosulek M, Kukacka Z, Chmelik J, Man P, Novak P(2018): Impact of Chemical Cross-Linking on Protein Structure and Function. Anal Chem 2018 Jan 16; 90(2):1104-1113

Stranava M, Man P, Skalova T, Kolenko P, Blaha J, Fojtikova V, Martinek V, Dohnalek J, Lengalova A, Rosulek M, Shimizu T, Martinkova M(2017): Coordination and redox state-dependent structural changes of the heme-based oxygen sensor AfGcHK associated with intraprotein signal transduction. J Biol Chem 2017, in press

2017

Vališ K, Grobárová V, Hernychová L, Bugáňová M, Kavan D, Kalous M, Černý J, Stodůlková E, Kuzma M, Flieger M, Černý J, Novák P. (2017): Reprogramming of leukemic cell metabolism through the naphthoquinonic compound Quambalarine B. Oncotarget. 2017 Oct 7;8(61):103137-103153.

Tarbouriech N, Ducournau C, Hutin S, Mas PJ, Man P, Forest E, Hart DJ, Peyrefitte CN, Burmeister WP, Iseni F: High-resolution structure of E9, the vaccinia virus DNA polymerase: Insight into the structural organization of the holoenzyme. Nat Commun 2017 Nov 13; 8(1): 1455

Gupta K, Watson AA, Scheer E, Köhler Ch, Zou J, Obong-Ebong I, Kandiah E, Temblador A, Round A, Forest E, Man P, Bieniossek C, Laue ED, Lemke EA, Rappsilber J, Robinson CV, Tora L, Berger I: Architecture of TAF11/TAF13/TBP complex suggests novel regulation properties of general transcription factor TFIID.  eLife 2017 Nov 7; 6. pii: e30395

Bláha J, Kalousková B, Skořepa O, Pažický S, Novák P, Vaněk O.(2017): High-level expression and purification of soluble form of human natural killer cell receptor NKR-P1 in HEK293S GnTI- cells. Protein Expr Purif. 2017 Dec;140:36-43.

Kalabova D, Smidova A, Petrvalska O, Alblova M, Kosek D, Man P, Obsil T, Obsilova V. Human procaspase-2 phosphorylation at both S139 and S164 is required for 14-3-3 binding. Biochem Biophys Res Commun. 2017, 493:940-945.

Masin J, Roderova J, Osickova A, Novak P, Bumba L, Fiser R, Sebo P, Osicka R. (2017): The conserved tyrosine residue 940 plays a key structural role in membrane interaction of Bordetella adenylate cyclase toxin. Sci Rep. 2017 Aug;7(1):9330.

Giladi M, van Dijk L, Refaeli B, Almagor L, Hiller R, Man P, Forest E, Khananshvili D. (2017): Dynamic distinctions in the sodium-calcium exchanger adopting the inward- and outward-facing conformational states. J Biol Chem. 2017 Jul 21; 292(29):12311-12323.

Schräder CU, Lee L, Rey M, Sarpe V, Man P, Sharma S, Zabrouskov V, Larsen B, Schriemer DC. (2017): Neprosin, a Selective Prolyl Endoprotease for Bottom-up Proteomics and Histone Mapping. Mol Cell Proteomics. 2017 Jun;16(6):1162-1171.

Tým

RNDr. Petr Novák, Ph.D.

RNDr.
Petr Novák, Ph.D.

Vedoucí skupiny Charakterizace proteinové struktury pokročilou hmotnostní spektrometrií

pnovak@biomed.cas.cz
+420325873610
Mgr. Lyubina Adámková

Mgr.
Lyubina Adámková

Graduate student (currently on maternity leave)

ivanova@biomed.cas.cz
+420325873606
Mgr. Petra Darebná

Mgr.
Petra Darebná

Graduate student

petra.darebna@biomed.cas.cz
+420325873609
Mgr. Jan Fiala

Mgr.
Jan Fiala

Graduate student

jan.fiala@biomed.cas.cz
+420325873608
Mgr. František Filandr

Mgr.
František Filandr

Graduate student

frantisek.filandr@biomed.cas.cz
+420325873608
Mgr. Jiří Hausner

Mgr.
Jiří Hausner

Graduate student

jiri.hausner@biomed.cas.cz
+420325873609
Mgr. Daniel Kavan, Ph.D.

Mgr.
Daniel Kavan, Ph.D.

Junior research scientist

kuan@natur.cuni.cz
+420325873609
Mgr. Zdeněk Kukačka, Ph.D.

Mgr.
Zdeněk Kukačka, Ph.D.

Junior research scientist

zdenek.kukacka@biomed.cas.cz
+420325873608
Mgr. Růžena Lišková

Mgr.
Růžena Lišková

Graduate student

ruzena.liskova@biomed.cas.cz
+420325873608
RNDr. Petr Man, Ph.D.

RNDr.
Petr Man, Ph.D.

Senior research scientist

pman@biomed.cas.cz
+420325873610

Ing.
Jana Nováková

Laboratory technician

jana.novakova@biomed.cas.cz
+420325873608
Mgr. Lukáš Slavata

Mgr.
Lukáš Slavata

Graduate student

lukas.slavata@biomed.cas.cz
+420325873609
Mgr. Karel Vališ, Ph.D.

Mgr.
Karel Vališ, Ph.D.

Junior research scientist

karel.valis@biomed.cas.cz
+420325873606
Mgr. Pavla Vaňková

Mgr.
Pavla Vaňková

Graduate student

pavla.vankova@biomed.cas.cz
+420325873609
MSc. Ghazaleh Yassaghi

MSc.
Ghazaleh Yassaghi

Post-Doc

ghazaleh.yassaghi@biomed.cas.cz
+420325873606

Výuka

Nabízená témata VŠ kvalifikačních prací

jméno název práce typ práce
Radikálové značení proteinů jako nástroj validace biologických terapeutik. Diplomová práce
Purifikace a charakterizace aspergilopepsinu a jeho využití pro štěpení proteinů v experimentech vodík/deuteriové výměny. Diplomová práce
Příprava oryzapsinu pro štěpení proteinů v experimentech vodík/deuteriové výměny. Diplomová práce
Příprava afinitních povrchů pro hmotnostní spektrometrii Diplomová práce
Příprava fluorescenčně značeného receptoru NK buněk pro studium dynamiky v savčích buňkách. Diplomová práce
Optimalizace chemického sítění proteinu s nukleovou kyselinou. Bakalářská práce
Příprava afinitních nosičů pro klinickou diagnostiku. Bakalářská práce
Produkce a purifikace proteinu s využitím pro strukturní hmotnostní spektrometrii. Bakalářská práce
Počítačové zpracování hmotnostně spektrometrických dat. Bakalářská práce
Rekombinatní příprava extracelulární části myšího receptoru Clrb. Bakalářská práce
Úloha kaspas během buněčné smrti indukované novými naftochinony. Bakalářská práce