OMICS Proteomika

OMICS Proteomika

Mgr. Karel Harant

Mgr. Karel Harant — Vedoucí laboratoře

O nás

Hmotnostně spektrometrické pracoviště poskytující analytické služby v oblasti proteomiky, metabolomiky a analýzy malých molekul. 

 

27.4. 2022 - Aktuální čekací doba od doručení vzorků do odevzdání dat je přibližně 6 týdnů

 

  • Proteomika: Jsme přístrojově nadstandardně dobře a moderně vybavená laboratoř disponující technickým zázemím pro provedení většiny v současnosti používaných proteomických měření. Hmotnostní spektrometry jsou doplněny  drobnějšími, ale pro moderní proteomiku stejně nezbytnými  přístroji. Zákazníkům poskytujeme plný proteomický servis zahrnující izolaci proteinů z dodaného vzorku, štěpení trypsinem, analýzu na nanoLC/MS a vyhodnocení dat. Rovněž poskytujeme konzultace k návrhu experimentu a volbě vhodných kontrol, umožnujících dobrou interpretaci získaných dat. Po domluvě a ve spolupráci se zákazníkem provádíme rovněž analýzy některých posttranslačních modifikací. Od roku 2015 odbavujeme zhruba 300 zakázek ročně - jedná se asi o 3000 vzorků. Výsledky zakládající se na měření z naší laboratoře byly použity v několika desítkách publikací. Pro konzultaci Vašeho záměru kontaktujte prosím Karla Haranta nebo Pavla Talacka.
  • Metabolomika: Servisně provádíme cílenou i necílenou analýzu malých molekul. Díky kombinaci vybavení pro LC/MS a GCxGC-MS je možné měřit široké spektrum látek. Na LC používáme několik druhů kolon pro reverzní fázi a pro HILIC, pro GC disponujeme rovněž kolonami pro různé typy analytů. Jednotlivá měření je vždy třeba předem konzultovat, pro každou skupinu látek je potřeba zvolit individuální přístup a metodu. Kontaktujte prosím Petra Žáčka.
  • Laboratoř je vybavena následující přístrojovou technikou:

         1) Tribridním hmotnostním spektrometrem Thermo Orbitrap Fusion, který je vhodný zejména na necílené proteomické experimenty a necílenou metabolomiku.

 

         2) Trojitým quadrupólem Thermo Quantiva, který je vhodný na cílené proteomické experimenty a cílenou kvantifikaci malých molekul

 

         3) Dvoudimenzionálním komprehensivním plynovým chromatografem kombinovaným s hmotnostním analyzátorem Leco - Pegasus® 4D GCxGC-TOFMS pro

              identifikace a kvantifikace těkavých látek, mastných kyselin a dalších analytů vhodných pro GC.

 

  • Hmotnostní spektrometry jsou doplněny  čtyřmi sestavami různých kapalinových chromatografií

    umožňujícími nám poktrýt široké spektrum aplikací.

  • Služby jsou poskytovány jako servis, za finanční úhradu, nepožadujeme spoluautorství na vzniklých publikacích. Jsme však rádi za uvedení laboratoře v poděkování.

 

 

 

 

Aktuality

Princip necíleného proteomického experimentu

Bottom up přístup  - analýza peptidů po štěpení proteázou

       V naší laboratoři analyzujeme pouze petidy vzniklé po štěpení proteinů. pokud máte zájem o analýzu intaktních proteinových molekul obraťte se prosím  na pracoviště Dr. Pompacha, BTU,  zde v Biocevu.

       Převedení proteinů na tryptické štěpy výrazně sníží komplexitu proteomu. Jednotlivé proteo formy jsou sjednoceny na základě svých peptidů a teoretický počet různých proteinových molekul se nám smrskne ze stovek tisíc na cca deset tisíc. Rovněž je tímto přístupem vzorek chemicky zjednodušen, zbavíme se molekul, které jsou v jedné části výrazně hydrofóbní a v jiné hydrofilní. Pokud taková molekula zůstane vcelku, je velmi těžké ji udžet v roztoku a analyzovat jí. Peptidy z takovéto molekuly jsou však chemicky jednotnější. Hydrofóbní peptidy jsou sice ve většině ztraceny a v roztoku je neudržíme, ale většina membránových (hydrofóbních) proteinů však poskytuje i tak dostatek hydrofilních peptidů pro kvalitní identifikaci a kvantifikaci. Právě z důvodu prevence sražení hydrofóbních proteinů před štěpením je přínosné provádět lyzi buněk a štěpení v přítomnosti detergentu. Bez vyjímky však přítomnost detgentu není kompatibilní s chromatografickou separací, která musí předcházet hmotnostní analýze vzorku. Lze se setkat s několika různými přístupy jak řešit tento spor, my používáme pro lyzi buněk 2% Sodium deoxycholate. Ten má narozdíl od SDS tu výhodu, že neinhibuje aktivitu trypsinu a  naopak napomáhá rozvolnit proteiny a zvýšit účinnost štěpení.   Po štěpení je možné dergent ze vzorku odstranit vytřepáním do organického rozpouštědla, které je nemísitelné s vodou - Etylacetátu.

       Dalším rozměrem proteomického vzorku je jeho dynamický rozsah, u lyzátu lidských buněk se jedná o 8 koncentračních řádů.  U tělních tekutin, například séra, může jít o 12 koncentračních řádů. Současná proteomická analýza s chromatografickou separací v jednom rozměru umožnuje pokrýt 6 řádů koncentračního rozdílu. Zákonitě tak nejsme schopni identifikovat všechny proteiny přítomné ve vzorku. Můžeme si pomoci druhou dimenzí separace před analýzou, ta nám vzorek zjednodušší a poskytne další 2 řády citlivosti navíc.  Je tak možné identifikovat téměř všechny přítomné proteiny. U prefrakcionovaného lyzátu lidské buněčné kultury jsme tak  identifikovali více než 9500 proteinů. V literatuře je často uváděn ještě vyšší počet identifikací.

       Po štěpení jsou získané peptidy odsoleny a separovány kapalinovou chromatografií na koloně obsahující C18 reverzní fázi.  Z důvodu vysoké komplexity vzorku je výsledná molární koncentrace každého jednotlivého peptidu velmi nízká. Na citlivost celého systému jsou tím kladeny velmi vysoké nároky a klasické HPLC průměry kolon a s nimi spojené průtoky nejspou dostatečně citlivé pro proteomické aplikace.  Citlivost LC/MS systému se obecně zvyšuje s klesajícím průměrem kolony a průtokem. Při poklesu na stovky nanolitrů za minutu a průměru kolony 75um je nárůst citlivosti až 50ti násobný (  http://tools.thermofisher.com/content/sfs/brochures/PP-72444-Analytical-Nano-Flow-LC-MS-MSB2017-PP72444-EN.pdf ). Spolu s poklesem průtoků, však stoupá čas potřebný pro analýzu a rovněž nároky na technické provedení LC systému. Zajistit přesnou tvorbu gradientu a správný průtok  při nanolitrových průtocích je technicky obtížně řešitelné. Rovněž vypláchnutí případné kontaminující nečistoty ze systému (zbytek detergentu ze vzorku apod.) je časově velmi náročné a často je třeba částečná demontáž fluidních cest systému. Kapalinová chromatografie se tak stává nejméně stabilní částí systému a nejčastějším zdrojem selhání analýzy. Vývoj posledních pár let tak směřuje k použití kapilárních kolon  a průtoků v jednotkách mikrolitrů za minutu.  

         Kolona je přímo zakončena hrotem elektrospreje a  analyty jsou tedy ihned po eluci ionizovány a převedeny do hmotnostního spektrometru. V něm jsou nejprve získány hmoty prekurzorů (MS1 scan) kdy měřím všechny ionty v intervalu 350 - 1400 Da. Přímo ve stroji proběhne vyhodnocení spektra a určení nábojových stavů iontů. Podle nastaveného klíče (většinou se berou nejintenzivnější ionty které nebyly v poslední minutě fragmentovány)  je fragmentováno tolik prekurzorů kolik je možné stihnout v průběhu dvou vteřin (teoreticky až 50 fragmentací v realitě to bývá mezi 10ti a 20ti). Po dvou vteřinách se cyklus opakuje. Dvě vteřiny jsou zvoleny proto, aby jsme měli alespoň 10 až 15 datových bodů pro chromatografický pík (šířka píků je cca 30 vteřin). Dobré prokreslení píku je důležité pro správné určení jeho maxima a potažmo správné kvantifikace.

          Naměřením dat končí experimentální část práce. datový soubor obsahující cca 50 000 fragmentačních spekter na hodinu měření je naní třeba interpretovat - přiřadit jednotlivá spektra  k sekvenci peptidu. Zde je podstatný rozdíl od sekvenace nukleových kyselin. U proteomiky se nejedná o denovo odečítání sekvence peptidu, ale o porovnání teoretické sekvence po štěpení trypsinem a experimentálně naměřených fragmentů. Zřídka kdy máme ve spektru důkaz pro všechny aminokyseliny. Výsledkem hledání je pravděpodobnost toho, že shoda spektra s přiřazenou peptidovou sekvencí je nenáhodná. Pro proteomický experiment je třeba mít co nejúplnější datadázi proteinových sekvencí organizmu z kterého pochází vzorek. Pokud se jedná o směs organismů tak databázi všech přítomných organizmů. Na druhou stranu je třeba se vyhnout příliš rozsáhlé databázi - například prohledávat proti sekvencím celého rodu nebo třídě. Jak bylo řečeno výše, jedná se o analýzu pravděpodobnosti shody a pokud je na výběr příliš mnoho možností přestávají vyhledávací algoritmy pracovat správně.

         Výsledkem hledání jsou tedy vždy dvojice spektrum a kandidátní sekvence a míra shody vyjádřená hodnotou score. Jedno spektrum může mít žádnou, jednu a nebo více kandidátních sekvencí. Část s těchto přiřazení je falešně pozitivní. Pro určení, který peptid je správně určen se nejčastěji používá FDR(false discovery rate) analýza. Kdy databáze použitá pro vyhledávání je náhodně zpřeházena a použita opět pro to samé prohledání. Výsledkem je velký počet přiřazení spektrum-sekvence s velmi nízkým score. Výsledky obou hledání jsou pak smíchány  a hledá se taková hodnota score, kdy ve výsledném datasetu zůstane pouze 1% peptidů z FDR hledání. Analogicky se předpokládá že pak pouze jedno procento peptidů ze správného hledání bude falešně pozitivní.  1% identifikací keré od nás obdržíte je pravděpodobně falešně pozitivní, a bude se jednat o proteiny s nejnižším score.

 

     

 

Vybavení

Hmotnostní spektrometry

Orbitrap Fusion

Orbitrap Fusion

     Nejdůležitější vybavení naší proteomické laboratoře. Hmotnostní spektrometr kombinující Quadrupól, Iontovou past a Orbitrap.  Quadrupól je používán pouze jako hmotnostní filtr pro výběr prekurzorů, za ním se přístroj větví a ionty mohou cestovat buď do Orbitrapu -  velmi přesného a vysokorozlišovacího hmotnostního analyzátotu využívajícího pro určení jejich  hmoty Fourierovu transformaci nebo do kolizní cely, kde mohou být fragmentovány. Odtud vede cesta buď zpět do Orbitrapu a nebo dále do lineární iontové pasti. Ta slouží jako druhý hmotnostní analyzátor v přístroji. Je méně přesná a nízkorozlišovací, poskytuje však větší citlivost a možnost fragmentace iontů. Produkty fragmentace mohou být v pasti izolovány a znovu fragmentovány. Tak je umožněna analýza v MS3 a i vyšších stupních fragmentace. 

     V bottom up proteomice je důležitou veličinou počet proteinů, které jsou během analýzy identifikovány.  A ten je přímo úměrný počtu spekter, které je hmotnostní spektrometr schopen získat.  Získání spektra se sestává ze dvou fází - akumulační , kdy se shromažďuje dostatečné množství iontu, který je pak fragmentován, a akviziční fázi, kdy je změřena hmota fragmentů.  Zatímco akumulovat můžeme vždy pouze jeden iont, tak měřit  spektra můžeme na obou detektorech současně . A právě kombinace akvizice dat na obou detektorech je jednou z možností, jak na Fusionu získat nejvíce identifikovaných (potažmo kvantifikovaných)  proteinů. 

Graf níže zobrazuje počet proteinových identifikací získaných ze vzorku HELA buněk,  2,25 hodiny trvající gradient. Jedná se o komerčně dostupný triptický digest od Thermo Pierce ( https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/88328 ) který by měl být vždy stejný. Používámen tento vzorek pro kontrolu kvality v pravidelných intervalech, při nízkém počtu identifikací, čištíme kapalinovou chromatografii, kalibrujeme a čistíme  instrument a podnikáme další kroky vedoucí k optimálnímu stavu.  Pokud se domníváme, že bylo ovlivněno i měření zákaznických vzorků, tak je automaticky přeměřujeme.

Trojitý quadrupól Thermo Quantiva

Trojitý quadrupól Thermo Quantiva

Trojitý kvadrupól disponující vysokokapacitním iontovým zdrojem. První a třetí kvadrupól slouží jako hmotnostní filtry pro izolaci prekursoru respektive fragmentu. Druhý kvadrupól slouží jako argonová kolizní cela.

 

Minimální izolační okno prekurzoru 0,2Da zajištuje vysokou selektivitu.  Je možné měřit až 500 přechodů za vteřinu. Přepínání polarity 25ms.

 

Leco - Pegasus® 4D GCxGC-TOFMS

Leco - Pegasus® 4D GCxGC-TOFMS

2D plynová chromatografie kombinovaná s TOF hmotnostním analyzátorem vybavená robotem pro nástřik a přípravu vzorků Gerstel.

Kapalinová chromatografie

ICS 4000 Capilary ion exchange chromatography Thermo Dionex

ICS 4000 Capilary ion exchange chromatography Thermo Dionex

anion exchange

nano LC Thermo Dionex  Ultimate 3000

nano LC Thermo Dionex Ultimate 3000

Nano průtoková kapalinová chromatografie určená pro proteomické aplikace

Příprava vzorků

Low flow  fraction collector -  Spider

Low flow fraction collector - Spider

Loss-less  fraction collector inspired by this work:

High Flow fraction collector

High Flow fraction collector

Sběrač frakcí pro před separaci vzorků za průtoků mezi 50-500 ul za minutu. Používaný rovněž k depleci séra.

Software

Proteome Discoverer 2.2

Proteome Discoverer 2.2

Proteomický software od firmy Thermo. Od verze 2.2 podporuje labelfree kvantifikaci. Vyniká ve zpracování experimetů kde byla použita izobarická značka (TMT, ITRAQ), takovéto experimenty vyhodnocujeme primárně v tomto programu.

Na Vaše přání ho můžeme použít i pro prohledání Vašich labelfree dat.

 

Scaffold Q+S 4.6.1

Scaffold Q+S 4.6.1

Software schopný pracovat s  výsledky vyhledávání z různých vyhledávacích algoritmů, sám má integrovaný X! Tandem. 

Vhodný pro integraci a vizualizaci výsledků hledání z různých zdrojů. 

http://www.proteomesoftware.com/products/scaffold/

Compound Discoverer 2.0

Compound Discoverer 2.0

http://planetorbitrap.com/compound-discoverer#.XFwbKlVKgUE

TraceFinder

TraceFinder

Software package for targeted SRM and MRM data acquisition, data processing and quantification

https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/OPTON-30491

Software - volně dostupný

Volně dostupný software pro prohledávání MS proteomických dat, má v sobě integrovaný vyhledávací algoritmus Andromeda. Za vývojem stojí Prof. Mathias Mann, PhD. a Prof. Jürgen Cox, PhD. Vynikajícně implementuje lebellfree kvantifikaci. V naší laboratoři se jedná o nástroj první volby pro prohledávání Vašich dat.

 

https://www.youtube.com/channel/UCKYzYTm1cnmc0CFAMhxDO8w/videos

http://www.coxdocs.org/doku.php?id=maxquant:start

Cox J., Hein M. Y., Luber C. A., Paron I., Nagaraj N., and Mann M., Accurate Proteome-wide Label-free Quantification by Delayed Normalization and Maximal Peptide Ratio Extraction, Termed MaxLFQ. Mol Cell Proteomics, 2014, 13, pp 2513–2526.

Volně dostupný software z dílny Prof. Jürgena Coxe, PhD a Dr Tyanove. Jedinečné grafické rozhraní pro zpracování dat z MaxQuant hledání a jejich rozsáhlé statistké a grafické zpracování. 

https://www.biochem.mpg.de/5111810/perseus

https://www.youtube.com/channel/UCKYzYTm1cnmc0CFAMhxDO8w/videos

https://www.nature.com/articles/nmeth.3901

Tyanova, S., Temu, T., Sinitcyn, P., Carlson, A., Hein, M., Geiger, T., Mann, M. and Cox, J. The Perseus computational platform for comprehensive analysis of (prote)omics data. Nature Methods, 2016.

 

Skyline je volně dostupný software vyvíjený skupinou Prof. MacCosse na University of Washington. Slouží ke zpracování a analýze dat z cílených experimentů (SRM, MRM, PRM), Data Independent experimentů (SWATH) a extrakci chromatogramů na základě MS1 signálu u Data Dependent experimentů. Je možné v něm provádět jak relativní, tak absolutní kvantifikaci. Zároveň je možné zde vyhodnocovat nejen label free experimenty, ale i experimenty využívající ke kvantifikaci peptidy značené těžkými izotopy.

  • Bioinformatics. 2010 Apr 1;26(7):966-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btq054. Epub 2010 Feb 9.
    Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments.
    MacLean B1, Tomazela DM, Shulman N, Chambers M, Finney GL, Frewen B, Kern R, Tabb DL, Liebler DC, MacCoss MJ.
  • Mol Cell Proteomics. 2012 May;11(5):202-14. doi: 10.1074/mcp.M112.017707. Epub 2012 Mar 26.
    Platform-independent and label-free quantitation of proteomic data using MS1 extracted ion chromatograms in skyline: application to protein acetylation and phosphorylation.
    Schilling B1, Rardin MJ, MacLean BX, Zawadzka AM, Frewen BE, Cusack MP, Sorensen DJ, Bereman MS, Jing E, Wu CC, Verdin E, Kahn CR, Maccoss MJ, Gibson BW.
  • Anal Chem. 2010 Dec 15;82(24):10116-24. doi: 10.1021/ac102179j. Epub 2010 Nov 19.
    Effect of collision energy optimization on the measurement of peptides by selected reaction monitoring (SRM) mass spectrometry.
    Maclean B1, Tomazela DM, Abbatiello SE, Zhang S, Whiteaker JR, Paulovich AG, Carr SA, Maccoss MJ.

Ceník

Níže naleznete orientační ceny bez DPH pro rok 2020, cena každé jednotlivá zakázky je však stanovena individuálně při úvodní konzultaci.

Na větší série vzorků je možné obdržet množstevní slevu.  

 

  -  Izolace proteinů ze vzorku za použití detergentu, štěpení trypsinem, odstarnění detergentu  - 590 Kč,-

  -  Izolace proteinů ze vzorku tukové tkáně, odstarnění tukové složky, detergentové, štěpení trypsinem, odstranění detergentu - 800 Kč,-

  -  Hodina měření gradientu na stroji Orbitrap Fusion, cena zahrnuje prohledání dat a základní statistické vyhodnocení - 1125 Kč,-

  -  Deplece séra na koloně Agilent MARS14 -  925 Kč,-

  -  Prefrakcionace peptidů v alkalickém pH - 660 Kč,-

   - Hodina práce operátora (pokročilé prohledávání dat nad rámec základního hledání, znovuprohledávání již odevzdaných výsledků, bioinformatická analýza atd.)  - 600 Kč,- 

Pro smysluplné výsledky a možnost statistického zpracování je potřeba vždy měřit kontrolu a vzorek a to nejlépe v biologickém triplikátu.

Příklady celých experimentů: 

  -  Imunoprecipitace : 3x kontrola a 3x vzorek, tzn 6x zpracování vzorku, 6x měření na 1,25hod gradientu -> 12000 Kč,- za experiment

  -  Porovnání vzorků jaterní tkáně z myší : 3x kontrola a 3x vzorek, tzn 6x zpracování vzorku, 6x měření na 2,25hod gradientu -> 18750 Kč,- za experiment

 

Ceny za metabolomická měření jsou vždy stanovovány individuálně pro konkrétní zakázku, kontaktujte prosím Petra Žáčka nebo Olgu Součkovou.

 

stáhnout ceník

Publikace

2022

Ronald Malych, Pavel Stopka, Jan Mach, Eva Kotabová, Ondřej Prášil, Robert Sutak, Flow cytometry-based study of model marine microalgal consortia revealed an ecological advantage of siderophore utilization by the dinoflagellate Amphidinium carterae, Computational and Structural Biotechnology Journal, Volume 20, 2022, Pages 287-295, https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.12.023.

Zimmann N, Rada P, Žárský V, Smutná T, Záhonová K, Dacks J, Harant K, Hrdý I, Tachezy J. Proteomic Analysis of Trichomonas vaginalis Phagolysosome, Lysosomal Targeting, and Unconventional Secretion of Cysteine Peptidases. Mol Cell Proteomics. 2022 Jan;21(1):100174. doi: 10.1016/j.mcpro.2021.100174. Epub 2021 Nov 8. PMID: 34763061; PMCID: PMC8717582.

Vondráček O, Mikeš L, Talacko P, Leontovyč R, Bulantová J, Horák P. Differential proteomic analysis of laser-microdissected penetration glands of avian schistosome cercariae with a focus on proteins involved in host invasion. Int J Parasitol. 2022 Feb 23:S0020-7519(22)00017-0. doi: 10.1016/j.ijpara.2021.12.003. Epub ahead of print. PMID: 35218763.

Erban T, Klimov PB, Harant K, Talacko P, Nesvorna M, Hubert J. Label-free proteomic analysis reveals differentially expressed Wolbachia proteins in Tyrophagus putrescentiae: Mite allergens and markers reflecting population-related proteome differences. J Proteomics. 2021 Oct 30;249:104356. doi: 10.1016/j.jprot.2021.104356. Epub 2021 Aug 23. PMID: 34438106.

Vacurova E, Trnovska J, Svoboda P, Skop V, Novosadova V, Reguera DP, Petrezselyová S, Piavaux B, Endaya B, Spoutil F, Zudova D, Stursa J, Melcova M, Bielcikova Z, Werner L, Prochazka J, Sedlacek R, Huttl M, Hubackova SS, Haluzik M, Neuzil J. Mitochondrially targeted tamoxifen alleviates markers of obesity and type 2 diabetes mellitus in mice. Nat Commun. 2022 Apr 6;13(1):1866. doi: 10.1038/s41467-022-29486-z. PMID: 35387987.

Smutná T, Dohnálková A, Sutak R, Narayanasamy RK, Tachezy J, Hrdý I. A cytosolic ferredoxin-independent hydrogenase possibly mediates hydrogen uptake in Trichomonas vaginalis. Curr Biol. 2022 Jan 10;32(1):124-135.e5. doi: 10.1016/j.cub.2021.10.050. Epub 2021 Nov 10. PMID: 34762819.

2021

Dienstbier A, Amman F, Petráčková D, Štipl D, Čapek J, Zavadilová J, Fabiánová K, Držmíšek J, Kumar D, Wildung M, Pouchnik D, Večerek B. Comparative Omics Analysis of Historic and Recent Isolates of Bordetella pertussis and Effects of Genome Rearrangements on Evolution. Emerg Infect Dis. 2021 Jan;27(1):57-68. doi: 10.3201/eid2701.191541. PMID: 33350934; PMCID: PMC7774529.

Drzmisek, J.; Stipl, D.; Petrackova, D.; Vecerek, B.; Dienstbier, A. Omics Analysis of Blood-Responsive Regulon in Bordetella pertussis Identifies a Novel Essential T3SS Substrate. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 736.

Sztacho M, Šalovská B, Červenka J, Balaban C, Hoboth P, Hozák P. Limited Proteolysis-Coupled Mass Spectrometry Identifies Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Effectors in Human Nuclear Proteome. Cells. 2021 Jan 4;10(1):68. doi: 10.3390/cells10010068. PMID: 33406800; PMCID: PMC7824793.

Čunátová K, Reguera DP, Vrbacký M, Fernández-Vizarra E, Ding S, Fearnley IM, Zeviani M, Houštěk J, Mráček T, Pecina P. Loss of COX4I1 Leads to Combined Respiratory Chain Deficiency and Impaired Mitochondrial Protein Synthesis. Cells. 2021 Feb 10;10(2):369. doi: 10.3390/cells10020369. PMID: 33578848; PMCID: PMC7916595.

Voukali E, Veetil NK, Němec P, Stopka P, Vinkler M. Comparison of plasma and cerebrospinal fluid proteomes identifies gene products guiding adult neurogenesis and neural differentiation in birds. Sci Rep. 2021 Mar 5;11(1):5312. doi: 10.1038/s41598-021-84274-x. PMID: 33674647; PMCID: PMC7935914.

Erban T, Shcherbachenko E, Talacko P, Harant K. A single honey proteome dataset for identifying adulteration by foreign amylases and mining various protein markers natural to honey. J Proteomics. 2021 May 15;239:104157. doi: 10.1016/j.jprot.2021.104157. Epub 2021 Feb 22. PMID: 33631366.

Karel Müller, Petre Ivanov Dobrev, Aleš Pěnčík, Petr Hošek, Zuzana Vondráková, Roberta Filepová, Kateřina Malínská, Federica Brunoni, Lenka Helusová, Tomáš Moravec, Katarzyna Retzer, Karel Harant, Ondřej Novák, Klára Hoyerová, Jan Petrášek, DIOXYGENASE FOR AUXIN OXIDATION 1 catalyzes the oxidation of IAA Amino Acid Conjugates, Plant Physiology, 2021;, kiab242, https://doi.org/10.1093/plphys/kiab242

Lidak T, Baloghova N, Korinek V, Sedlacek R, Balounova J, Kasparek P, Cermak L. CRL4-DCAF12 Ubiquitin Ligase Controls MOV10 RNA Helicase during Spermatogenesis and T Cell Activation. Int J Mol Sci. 2021 May 20;22(10):5394. doi: 10.3390/ijms22105394. PMID: 34065512; PMCID: PMC8161014.

Rouhova L, Kludkiewicz B, Sehadova H, Sery M, Kucerova L, Konik P, Zurovec M. Silk of the common clothes moth, Tineola bisselliella, a cosmopolitan pest belonging to the basal ditrysian moth line. Insect Biochem Mol Biol. 2021 Mar;130:103527. doi: 10.1016/j.ibmb.2021.103527. Epub 2021 Jan 19. PMID: 33476773.

Zabelina V, Takasu Y, Sehadova H, Yonemura N, Nakajima K, Sezutsu H, Sery M, Zurovec M, Sehnal F, Tamura T. Mutation in Bombyx mori fibrohexamerin (P25) gene causes reorganization of rough endoplasmic reticulum in posterior silk gland cells and alters morphology of fibroin secretory globules in the silk gland lumen. Insect Biochem Mol Biol. 2021 Aug;135:103607. doi: 10.1016/j.ibmb.2021.103607. Epub 2021 Jun 5. PMID: 34102294.

Rindos M, Kucerova L, Rouhova L, Sehadova H, Sery M, Hradilova M, Konik P, Zurovec M. Comparison of Silks from Pseudoips prasinana and Bombyx mori Shows Molecular Convergence in Fibroin Heavy Chains but Large Differences in Other Silk Components. Int J Mol Sci. 2021 Jul 31;22(15):8246. doi: 10.3390/ijms22158246. PMID: 34361011; PMCID: PMC8347419.

Makarov M, Meng J, Tretyachenko V, Srb P, Březinová A, Giacobelli VG, Bednárová L, Vondrášek J, Dunker AK, Hlouchová K. Enzyme catalysis prior to aromatic residues: Reverse engineering of a dephospho-CoA kinase. Protein Sci. 2021 May;30(5):1022-1034. doi: 10.1002/pro.4068. Epub 2021 Mar 26. PMID: 33739538; PMCID: PMC8040869.

Ryabchenko B, Soldatova I, Šroller V, Forstová J, Huérfano S. Immune sensing of mouse polyomavirus DNA by p204 and cGAS DNA sensors. FEBS J. 2021 May 10. doi: 10.1111/febs.15962. Epub ahead of print. PMID: 33969628.

Kučera O, Siahaan V, Janda D, Dijkstra SH, Pilátová E, Zatecka E, Diez S, Braun M, Lansky Z. Anillin propels myosin-independent constriction of actin rings. Nat Commun. 2021 Jul 28;12(1):4595. doi: 10.1038/s41467-021-24474-1. PMID: 34321459; PMCID: PMC8319318.

Vanova KH, Pang Y, Krobova L, Kraus M, Nahacka Z, Boukalova S, Pack SD, Zobalova R, Zhu J, Huynh TT, Jochmanova I, Uher O, Hubackova S, Dvorakova S, Garrett TJ, Ghayee HK, Wu X, Schuster B, Knapp PE, Frysak Z, Hartmann I, Nilubol N, Cerny J, Taieb D, Rohlena J, Neuzil J, Yang C, Pacak K. Germline SUCLG2 Variants in Patients with Pheochromocytoma and Paraganglioma. J Natl Cancer Inst. 2021 Aug 20:djab158. doi: 10.1093/jnci/djab158. Epub ahead of print. PMID: 34415331.

Staňková P, Kučera O, Peterová E, Elkalaf M, Rychtrmoc D, Melek J, Podhola M, Zubáňová V, Červinková Z. Western Diet Decreases the Liver Mitochondrial Oxidative Flux of Succinate: Insight from a Murine NAFLD Model. Int J Mol Sci. 2021 Jun 27;22(13):6908. doi: 10.3390/ijms22136908. PMID: 34199098; PMCID: PMC8268937.

Sistilli G, Kalendova V, Cajka T, Irodenko I, Bardova K, Oseeva M, Zacek P, Kroupova P, Horakova O, Lackner K, Gastaldelli A, Kuda O, Kopecky J, Rossmeisl M. Krill Oil Supplementation Reduces Exacerbated Hepatic Steatosis Induced by Thermoneutral Housing in Mice with Diet-Induced Obesity. Nutrients. 2021 Jan 29;13(2):437. doi: 10.3390/nu13020437. PMID: 33572810; PMCID: PMC7912192.

Kotabova E, Malych R, Pierella Karlusich JJ, Kazamia E, Eichner M, Mach J, Lesuisse E, Bowler C, Prášil O, Sutak R. Complex Response of the Chlorarachniophyte Bigelowiella natans to Iron Availability. mSystems. 2021 Feb 9;6(1):e00738-20. doi: 10.1128/mSystems.00738-20. PMID: 33563784; PMCID: PMC7883536.

Ujcikova H, Hejnova L, Eckhardt A, Roubalova L, Novotny J, Svoboda P. Impact of three-month morphine withdrawal on rat brain cortex, hippocampus, striatum and cerebellum: proteomic and phosphoproteomic studies. Neurochem Int. 2021 Mar;144:104975. doi: 10.1016/j.neuint.2021.104975. Epub 2021 Jan 27. PMID: 33508371.

Zimmann N, Rada P, Žárský V, Smutná T, Záhonová K, Dacks J, Harant K, Hrdý I, Tachezy J. Proteomic analysis of Trichomonas vaginalis phagolysosome, lysosomal targeting, and unconventional secretion of cysteine peptidases. Mol Cell Proteomics. 2021 Nov 8:100174. doi: 10.1016/j.mcpro.2021.100174. Epub ahead of print. PMID: 34763061.

Cermakova K, Demeulemeester J, Lux V, Nedomova M, Goldman SR, Smith EA, Srb P, Hexnerova R, Fabry M, Madlikova M, Horejsi M, De Rijck J, Debyser Z, Adelman K, Hodges HC, Veverka V. A ubiquitous disordered protein interaction module orchestrates transcription elongation. Science. 2021 Nov 26;374(6571):1113-1121. doi: 10.1126/science.abe2913. Epub 2021 Nov 25. PMID: 34822292.

Horváthová L, Žárský V, Pánek T, Derelle R, Pyrih J, Motyčková A, Klápšťová V, Vinopalová M, Marková L, Voleman L, Klimeš V, Petrů M, Vaitová Z, Čepička I, Hryzáková K, Harant K, Gray MW, Chami M, Guilvout I, Francetic O, Franz Lang B, Vlček Č, Tsaousis AD, Eliáš M, Doležal P. Analysis of diverse eukaryotes suggests the existence of an ancestral mitochondrial apparatus derived from the bacterial type II secretion system. Nat Commun. 2021 May 19;12(1):2947. doi: 10.1038/s41467-021-23046-7. PMID: 34011950; PMCID: PMC8134430.

2020

Tomas Erban, Pavel Klimov, Pavel Talacko, Karel Harant, Jan Hubert; Proteogenomics of the house dust mite, Dermatophagoides farinae: Allergen repertoire, accurate allergen identification, isoforms, and sex-biased proteome differences. Journal of Proteomics 210, 2020; DOI: https://doi.org/10.1016/j.jprot.2019.103535

Le T, Žárský V, Nývltová E, Rada P, Harant K, Vancová M, Verner Z, Hrdý I, Tachezy J.; Anaerobic peroxisomes in Mastigamoeba balamuthi; Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Jan 13.; doi: 10.1073/pnas.1909755117

Cytochrome c Oxidase Subunit 4 Isoform Exchange Results in Modulation of Oxygen Affinity
Cells. 2020 Feb; 9(2): 443. Published online 2020 Feb 14. doi: 10.3390/cells9020443 PMCID: PMC7072730 PMID: 32075102
David Pajuelo Reguera,1 Kristýna Čunátová,1,2 Marek Vrbacký,1 Alena Pecinová,1 Josef Houštěk,1 Tomáš Mráček,1,* and Petr Pecina1,*

Ujcikova, H., Cechova, K., Jagr, M., Roubalova, L., Vosahlikova, M., & Svoboda, P. (2020). Proteomic analysis of protein composition of rat hippocampus exposed to morphine for 10 days; comparison with animals after 20 days of morphine withdrawal. PLOS ONE, 15(4), e0231721. doi:10.1371/journal.pone.0231721 

Ujcikova, H., Cechova, K., Roubalova, L., Brejchova, J., Kaufman, J., Holan, V., & Svoboda, P. (2020). The high-resolution proteomic analysis of protein composition of rat spleen lymphocytes stimulated by Concanavalin A; a comparison with morphine-treated cells. Journal of Neuroimmunology, 341, 577191. doi:10.1016/j.jneuroim.2020.577191

Polanska N, Ishemgulova A, Volfova V,
Flegontov P, Votypka J, Yurchenko V, et al. (2020)
Sergentomyia schwetzi: Salivary gland
transcriptome, proteome and enzymatic activities
in two lineages adapted to different blood sources.
PLoS ONE 15(3): e0230537. https://doi.org/
10.1371/journal.pone.0230537

Peter Androvic, Denisa Kirdajova, Jana Tureckova, Daniel Zucha, Eva Rohlova, Pavel Abaffy, Jan Kriska, Martin Valny, Miroslava Anderova, Mikael Kubista, Lukas Valihrach. Decoding the Transcriptional Response to Ischemic Stroke in Young and Aged Mouse Brain. Cell reports,  VOLUME 31, ISSUE 11, 107777, JUNE 16, 2020, DOI:https://doi.org/10.1016/j.celrep.2020.107777

Dominik Arbon,Kateřina Ženíšková,Jan Mach,Maria Grechnikova,Ronald Malych,Pavel Talacko,Robert Sutak. Adaptive iron utilization compensates for the lack of an inducible uptake system in Naegleria fowleri and represents a potential target for therapeutic intervention. PLoS Negl Trop Dis 14(6): e0007759. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0007759

Maria Grechnikova, Kateřina Ženíšková, Ronald Malych, Jan Mach, Robert Šuťák; Copper detoxification machinery of the brain-eating amoeba Naegleria fowleri involves copper-translocating ATPase and the antioxidant system, International Journal for Parasitology: Drugs and Drug Resistance Volume 14, December 2020, Pages 126-135

J. Kucera, K. Horska, P. Hruska, et al., Interacting effects of the MAM model of schizophrenia and antipsychotic treatment: Untargeted proteomics approach in adipose tissue, Progress in Neuropsychopharmacology & Biological
Psychiatry (2020), https://doi.org/10.1016/j.pnpbp.2020.110165

Omega-3 Phospholipids from Krill Oil Enhance Intestinal Fatty Acid Oxidation More Effectively than Omega-3 Triacylglycerols in High-Fat Diet-Fed Obese Mice

By: Kroupova, Petra; van Schothorst, Evert M.; Keijer, Jaap; et al.

NUTRIENTS   Volume: ‏ 12   Issue: ‏ 7     Article Number: 2037   Published: ‏ JUL 2020

Lipokine 5-PAHSA Is Regulated by Adipose Triglyceride Lipase and Primes Adipocytes for De Novo Lipogenesis in Mice

By: Paluchova, Veronika; Oseeva, Marina; Brezinova, Marie; et al.

DIABETES   Volume: ‏ 69   Issue: ‏ 3   Pages: ‏ 300-312   Published: ‏ MAR 2020

Starke R, Morais D, Větrovský T, López Mondéjar R, Baldrian P, Brabcová V. Feeding on fungi: genomic and proteomic analysis of the enzymatic machinery of bacteria decomposing fungal biomass. Environ Microbiol. 2020 Aug 2. doi: 10.1111/1462-2920.15183. Epub ahead of print. PMID: 32743948.

Matějková T, Hájková P, Stopková R, Stanko M, Martin JF, Kreisinger J, Stopka P. Oral and vaginal microbiota in selected field mice of the genus Apodemus: a wild population study. Sci Rep. 2020 Aug 6;10(1):13246. doi: 10.1038/s41598-020-70249-x. PMID: 32764739; PMCID: PMC7413396.

Frolikova M, Otcenaskova T, Valasková E, Postlerova P, Stopkova R, Stopka P, Komrskova K. The Role of Taste Receptor mTAS1R3 in Chemical Communication of Gametes. Int J Mol Sci. 2020 Apr 10;21(7):2651. doi: 10.3390/ijms21072651. PMID: 32290318; PMCID: PMC7177404.

Jankovska E, Lipcseyova D, Svrdlikova M, Pavelcova M, Kubala Havrdova E, Holada K, Petrak J. Quantitative proteomic analysis of cerebrospinal fluid of women newly diagnosed with multiple sclerosis. Int J Neurosci. 2020 Oct 29:1-11. doi: 10.1080/00207454.2020.1837801. Epub ahead of print. PMID: 33059501.

Kocourek F, Stara J, Sopko B, Talacko P, Harant K, Hovorka T, Erban T. Proteogenomic insight into the basis of the insecticide tolerance/resistance of the pollen beetle Brassicogethes (Meligethes) aeneus. J Proteomics. 2020 Dec 27;233:104086. doi: 10.1016/j.jprot.2020.104086. Epub ahead of print. PMID: 33378720.

Čermák V, Gandalovičová A, Merta L, Harant K, Rösel D, Brábek J. High-throughput transcriptomic and proteomic profiling of mesenchymal-amoeboid transition in 3D collagen. Sci Data. 2020 May 27;7(1):160. doi: 10.1038/s41597-020-0499-2. PMID: 32461585; PMCID: PMC7253430.

Fáberová V, Kalasová I, Krausová A, Hozák P. Super-Resolution Localisation of Nuclear PI(4)P and Identification of Its Interacting Proteome. Cells. 2020 May 11;9(5):1191. doi: 10.3390/cells9051191. PMID: 32403279; PMCID: PMC7291030.

Prikryl P, Satrapova V, Frydlova J, Hruskova Z, Zima T, Tesar V, Vokurka M. Mass spectrometry-based proteomic exploration of the small urinary extracellular vesicles in ANCA-associated vasculitis in comparison with total urine. J Proteomics. 2020 Dec 9;233:104067. doi: 10.1016/j.jprot.2020.104067. Epub ahead of print. PMID: 33307252.

Novák J, Jurnečka D, Linhartová I, Holubová J, Staněk O, Štipl D, Dienstbier A, Večerek B, Azevedo N, Provazník J, Beneš V, Šebo P. A Mutation Upstream of the rplN-rpsD Ribosomal Operon Downregulates Bordetella pertussis Virulence Factor Production without Compromising Bacterial Survival within Human Macrophages. mSystems. 2020 Dec 8;5(6):e00612-20. doi: 10.1128/mSystems.00612-20. PMID: 33293402; PMCID: PMC7742992.

Maršíková J., Pavlíčková M., Wilkinson D., Váchová L., Hlaváček O., Hatáková L., Palková Z. (2020) The Whi2p-Psr1p/Psr2p complex regulates interference competition and expansion of cells with competitive advantage in yeast colonies. PNAS first published June 15, 2020 https://doi.org/10.1073/pnas.1922076117

Langerová H, Lubyová B, Zábranský A, et al. Hepatitis B Core Protein Is Post-Translationally Modified through K29-Linked Ubiquitination. Cells. 2020;9(12):2547. Published 2020 Nov 26. doi:10.3390/cells9122547

Korabecna M, Zinkova A, Brynychova I, Chylikova B, Prikryl P, Sedova L, Neuzil P, Seda O. Cell-free DNA in plasma as an essential immune system regulator. Sci Rep. 2020 Oct 15;10(1):17478. doi: 10.1038/s41598-020-74288-2. PMID: 33060738; PMCID: PMC7566599.

Dibus M, Brábek J, Rösel D. A Screen for PKN3 Substrates Reveals an Activating Phosphorylation of ARHGAP18. Int J Mol Sci. 2020 Oct 20;21(20):7769. doi: 10.3390/ijms21207769. PMID: 33092266; PMCID: PMC7594087.

2019

Makki A., Rada P, Žárský V., Kereiche S., Kovacik L., Novotny M., Jores T., Rapaport D., Tachezy J. 2019 Triplet-pore structure of a highly divergent TOM complex of hydrogenosomes in Trichomonas vaginalis. PLoS Biology. 17(1):e3000098. doi: 10.1371/journal.pbio.3000098

  

Syslova, E., Landa, P., Stuchlikova, L.R., Matouskova, P., Skalova, L., Szotakova, B., Navratilova, M., Vanek, T. and Podlipna, R. (2019) Metabolism of the anthelmintic drug fenbendazole in Arabidopsis thaliana and its effect on transcriptome and proteome. Chemosphere, 218, 662-669.

Erban, Sopko, Talacko, Harant, Kadlikova, Halesova, Riddellova, Pekas; 2019, Journal of Proteomics; Chronic exposure of bumblebees to neonicotinoid imidacloprid suppresses the entire mevalonate pathway and fatty acid synthesis

Erban, Zitek, Bodrinova, Talacko, Bartos, Hrabak; Comprehensive proteomic analysis of exoproteins expressed by ERIC I, II, III and IV Paenibacillus larvae genotypes reveals a wide range of virulence factors, Virulence 10:1, 2019

Erban, Shcherbachenko, Talacko, Harant; The Unique Protein Composition of Honey Revealed by Comprehensive Proteomic Analysis: Allergens, Venom-like Proteins, Antibacterial Properties, Royal Jelly Proteins, Serine Proteases, and Their Inhibitors, Journal of Natural Products, 2019

Palyzová, A., Zahradník, J., Marešová, H., & Řezanka, T. (2019). Characterization of the catabolic pathway of diclofenac in Raoultella sp. KDF8. International Biodeterioration & Biodegradation, 137, 88–94. doi:10.1016/j.ibiod.2018.11.013

Jankovska, E., Svitek, M., Holada, K. and Petrak, J. (2019) Affinity depletion versus relative protein enrichment: a side-by-side comparison of two major strategies for increasing human cerebrospinal fluid proteome coverage. Clin Proteomics, 16, 9.

Vit, O., Harant, K., Klener, P., Man, P. and Petrak, J. (2019) A three-pronged "Pitchfork" strategy enables an extensive description of the human membrane proteome and the identification of missing proteins. J Proteomics, 204, 103411.

Makukhin, N., Havelka, V., Polachova, E., Rampirova, P., Tarallo, V., Strisovsky, K. and Misek, J. (2019) Resolving oxidative damage to methionine by an unexpected membrane-associated stereoselective reductase discovered using chiral fluorescent probes. FEBS J.

Kohutova, J., Elsnicova, B., Holzerova, K., Neckar, J., Sebesta, O., Jezkova, J., Vecka, M., Vebr, P., Hornikova, D., Szeiffova Bacova, B. et al. (2018) Anti-arrhythmic Cardiac Phenotype Elicited by Chronic Intermittent Hypoxia Is Associated With Alterations in Connexin-43 Expression, Phosphorylation, and Distribution. Front Endocrinol (Lausanne), 9, 789.

Ana Dienstbier, Fabian Amman, Daniel Štipl, Denisa Petráčková, Branislav Večerek; Comparative Integrated Omics Analysis of the Hfq Regulon in Bordetella pertussis, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20, 3073; doi:10.3390/ijms20123073

Tomas Erban, Bruno Sopko, Klara Kadlikova, PavelTalacko, Karel Harant; Varroa destructor parasitism has a greater efect on proteome changes than the deformed wing virus and activates TGF-β signaling pathways; Scientific Reports | (2019) 9:9400 | https://doi.org/10.1038/s41598-019-45764-1

Oseeva, M, Paluchova V,  Zacek P, Janovska P, Mracek T, Rossmeisl M, Hamplova D, Cadova N, Stohanzlova I, Flachs P, Kopecky J, Kuda O; Omega-3 index in the Czech Republic: No difference between urban and rural populations; 2019 CHEMISTRY AND PHYSICS OF LIPIDS, 220, 23-27, DOI: 10.1016/j.chemphyslip.2019.02.006

Jana Kovalcikova, Marek Vrbacky, Petr Pecina, Katerina Tauchmannova, Hana Nuskova, Vilma Kaplanova, Andrea Brazdova, Lukas Alan, Jan Elias, Kristyna Cunatova, Vladimir Korinek, Radislav Sedlacek, Tomas Mracek, Josef Houstek; TMEM70 facilitates biogenesis of mammalian ATP synthase by promoting subunit c incorporation into the rotor structure of the enzyme; FASEB j., 2019, doi: 10.1096/fj.201900685RR

Simon Borna, Ales Drobek, Jarmila Kralova, Daniela Glatzova, Iva Splichalova, Matej Fabisik, Jana Pokorna, Tereza Skopcova, Pavla Angelisova, Veronika Kanderova, Julia Starkova, Petr Stanek, Orest V. Matveichuk, Nataliia Pavliuchenko, Katarzyna Kwiatkowska, Majd B. Protty, Michael G. Tomlinson, Meritxell Alberich‐Jorda, Vladimir Korinek, Tomas Brdicka; Transmembrane adaptor protein WBP1L regulates CXCR4 signalling and murine haematopoiesis; J Cell Mol Med. 2019;00:1–13.; DOI: 10.1111/jcmm.14895

Veronika Paluchova, Marina Oseeva, Marie Brezinova, Tomas Cajka, Kristina Bardova, Katerina Adamcova, Petr Zacek, Kristyna Brejchova, Laurence Balas, Hana Chodounska, Eva Kudova, Renate Schreiber, Rudolf Zechner, Thierry Durand, Martin Rossmeisl, Nada A. Abumrad, Jan Kopecky, Ondrej Kuda; Lipokine 5-PAHSA is Regulated by Adipose Triglyceride Lipase and Primes Adipocytes for de novo Lipogenesis in Mice; Diabetes 2019 Nov; db181163.; https://doi.org/10.2337/db18-1163

Bechynska K, Daskova N, Vrzackova N, Harant K, Heczková M, Podzimkova K, Bratova M, Dankova H, Berkova Z, Kosek V, Zelenka J, Hajslova J, Sedlacek R, Suttnar J, Hlavackova A, Bartonova L, Cahova M; The effect of ω-3 polyunsaturated fatty acids on the liver lipidome, proteome and bile acid profile: parenteral versus enteral administration; Sci Rep. 2019 Dec 13;9(1):19097. doi: 10.1038/s41598-019-54225-8.

Sumova, P., Sima, M., Kalouskova, B., Polanska, N., Vanek, O., Oliveira, F., … Volf, P. (2019). Amine-binding properties of salivary yellow-related proteins in phlebotomine sand flies. Insect Biochemistry and Molecular Biology, 103245. doi:10.1016/j.ibmb.2019.103245

Nosek V 1, Míšek J . Enzymatic kinetic resolution of chiral sulfoxides - an enantiocomplementary approach. Chem Commun (Camb). 2019 Aug 27;55(70):10480-10483. doi: 10.1039/c9cc05470g.

Omega-3 index in the Czech Republic: No difference between urban and rural populations

By: Oseeva, Marina; Paluchova, Veronika; Zacek, Petr; et al.

CHEMISTRY AND PHYSICS OF LIPIDS   Volume: ‏ 220   Pages: ‏ 23-27   Published: ‏ MAY 2019

2018

Van Nguyen P., Hlavacek O., Marsikova J., Vachova L., Palkova Z. (2018) Cyc8p and Tup1p transcription regulators antagonistically regulate Flo11p expression and complexity. PLoS genetics, https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007495

Sykora, M., Pospisek, M., Novak, J., Mrvova, S., Krasny, L. and Vopalensky, V. (2018) Transcription apparatus of the yeast virus-like elements: Architecture, function, and evolutionary origin. PLoS Pathog, 14, e1007377.

Bilkova, B., Swiderska, Z., Zita, L., Laloe, D., Charles, M., Benes, V., Stopka, P. and Vinkler, M. (2018) Domestic Fowl Breed Variation in Egg White Protein Expression: Application of Proteomics and Transcriptomics. J Agric Food Chem, 66, 11854-11863.

Melenovsky, V., Cervenka, L., Viklicky, O., Franekova, J., Havlenova, T., Behounek, M., Chmel, M. and Petrak, J. (2018) Kidney Response to Heart Failure: Proteomic Analysis of Cardiorenal Syndrome. Kidney Blood Press Res, 43, 1437-1450.

Rossmeisl, M., Pavlisova, J., Janovska, P., Kuda, O., Bardova, K., Hansikova, J., Svobodova, M., Oseeva, M., Veleba, J., Kopecky, J., Jr. et al. (2018) Differential modulation of white adipose tissue endocannabinoid levels by n-3 fatty acids in obese mice and type 2 diabetic patients. Biochim Biophys Acta, 1863, 712-725.

Kuda, O., Brezinova, M., Silhavy, J., Landa, V., Zidek, V., Dodia, C., Kreuchwig, F., Vrbacky, M., Balas, L., Durand, T. et al. (2018) Nrf2-Mediated Antioxidant Defense and Peroxiredoxin 6 Are Linked to Biosynthesis of Palmitic Acid Ester of 9-Hydroxystearic Acid. Diabetes, 67, 1190-1199.

Rohde, F., Schusser, B., Hron, T., Farkasova, H., Plachy, J., Hartle, S., Hejnar, J., Elleder, D. and Kaspers, B. (2018) Characterization of Chicken Tumor Necrosis Factor-alpha, a Long Missed Cytokine in Birds. Front Immunol, 9, 605.

Mach, J., Bila, J., Zeniskova, K., Arbon, D., Malych, R., Glavanakovova, M., Nyvltova, E. and Sutak, R. (2018) Iron economy in Naegleria gruberi reflects its metabolic flexibility. Int J Parasitol.

Kuntova, B., Stopkova, R. and Stopka, P. (2018) Transcriptomic and Proteomic Profiling Revealed High Proportions of Odorant Binding and Antimicrobial Defense Proteins in Olfactory Tissues of the House Mouse. Front Genet, 9, 26.

Ulicna, Rohozkova, Hozak; Multiple Aspects of PIP2 Involvement in C. elegans Gametogenesis; Int. J. Mol. Sci. 2018, 19, 2679

Differential modulation of white adipose tissue endocannabinoid levels by n-3 fatty acids in obese mice and type 2 diabetic patients

By: Rossmeisl, Martin; Pavlisova, Jana; Janovska, Petra; et al.

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR AND CELL BIOLOGY OF LIPIDS   Volume: ‏ 1863   Issue: ‏ 7   Pages: ‏ 712-725   Published: ‏ JUL 2018

Pyrihová E, Motycková A, Voleman L, Wandyszewska N, Fišer R, Seydlová G, Roger A, Kolísko M, Doležal P. A Single Tim Translocase in the Mitosomes of Giardia intestinalis Illustrates Convergence of Protein Import Machines in Anaerobic Eukaryotes. Genome Biol Evol. 2018 Oct 1;10(10):2813-2822. doi: 10.1093/gbe/evy215. PMID: 30265292; PMCID: PMC6200312.

2017

Cerna M, Kuntova B, Talacko P, Stopkova R, and Stopka P. 2017. Differential regulation of vaginal lipocalins (OBP, MUP) during the estrous cycle of the house mouse. Sci Rep 7:11674.

Erban, T., Harant, K., Chalupnikova, J., Kocourek, F. and Stara, J. (2017) Beyond the survival and death of the deltamethrin-threatened pollen beetle Meligethes aeneus: An in-depth proteomic study employing a transcriptome database. J Proteomics, 150, 281-289.

Stopkova R, Klempt P, Kuntova B, and Stopka P. 2017. On the tear proteome of the house mouse (Mus musculus musculus) in relation to chemical signalling. PeerJ 6:e3541.

Valis, K., Grobarova, V., Hernychova, L., Buganova, M., Kavan, D., Kalous, M., Cerny, J., Stodulkova, E., Kuzma, M., Flieger, M. et al. (2017) Reprogramming of leukemic cell metabolism through the naphthoquinonic compound Quambalarine B. Oncotarget, 8, 103137-103153.

Stafkova, J., Rada, P., Meloni, D., Zarsky, V., Smutna, T., Zimmann, N., Harant, K., Pompach, P., Hrdy, I. and Tachezy, J. (2017) Dynamic secretome of Trichomonas vaginalis: Case study of beta-amylases. Mol Cell Proteomics.

Vyklicka, L., Boukalova, S., Macikova, L., Chvojka, S. and Vlachova, V. (2017) The human transient receptor potential vanilloid 3 channel is sensitized via the ERK pathway. J Biol Chem.

Vosahlikova, M., Ujcikova, H., Chernyavskiy, O., Brejchova, J., Roubalova, L., Alda, M. and Svoboda, P. (2017) Effect of therapeutic concentration of lithium on live HEK293 cells; increase of Na+/K+-ATPase, change of overall protein composition and alteration of surface layer of plasma membrane. Biochim Biophys Acta, 1861, 1099-1112.

Laššuthová P, Gregor M, Sarnová L, Machalová E, Sedláček R, Seeman P: Clinical, In Silico, and Experimental Evidence for Pathogenicity of Two Novel Splice Site Mutations in the SH3TC2 Gene. J Neurogenet 2012 26(3-4): 413-20. [pubmed] [doi]

Dong LF, Kovarova J, Bajzikova M, Bezawork-Geleta A, Svec D, Endaya B, Sachaphibulkij K, Coelho AR, Sebkova N, Ruzickova A, Tan AS, Kluckova K, Judasova K, Zamecnikova K, Rychtarcikova Z, Gopalan V, Andera L, Sobol M, Yan B, Pattnaik B, Bhatraju N, Truksa J, Stopka P, Hozak P, Lam AK, Sedlacek R, Oliveira PJ, Kubista M, Agrawal A, Dvorakova-Hortova K, Rohlena J, Berridge MV, Neuzil J. Horizontal transfer of whole mitochondria restores tumorigenic potential in mitochondrial DNA-deficient cancer cells. Elife. 2017 Feb 15;6:e22187. doi: 10.7554/eLife.22187. PMID: 28195532; PMCID: PMC5367896.

2016

Hartmannova, H., Piherova, L., Tauchmannova, K., Kidd, K., Acott, P.D., Crocker, J.F., Oussedik, Y., Mallet, M., Hodanova, K., Stranecky, V. et al. (2016) Acadian variant of Fanconi syndrome is caused by mitochondrial respiratory chain complex I deficiency due to a non-coding mutation in complex I assembly factor NDUFAF6. Hum Mol Genet, 25, 4062-4079.

Manakov, D., Ujcikova, H., Pravenec, M. and Novotny, J. (2016) Alterations in the cardiac proteome of the spontaneously hypertensive rat induced by transgenic expression of CD36. J Proteomics, 145, 177-186.

Stopka P, Kuntova B, Klempt P, Havrdova L, Cerna M, and Stopkova R. 2016. On the saliva proteome of the Eastern European house mouse (Mus musculus musculus) focusing on sexual signalling and immunity. Sci Rep 6:32481.

Vit, O., Man, P., Kadek, A., Hausner, J., Sklenar, J., Harant, K., Novak, P., Scigelova, M., Woffendin, G. and Petrak, J. (2016) Large-scale identification of membrane proteins based on analysis of trypsin-protected transmembrane segments. J Proteomics, 149, 15-22.

Ujcikova, H., Vosahlikova, M., Roubalova, L. and Svoboda, P. (2016) Proteomic analysis of protein composition of rat forebrain cortex exposed to morphine for 10days; comparison with animals exposed to morphine and subsequently nurtured for 20days in the absence of this drug. J Proteomics, 145, 11-23.

Jankovicova J, Frolikova M, Sebkova N, Simon M, Cupperova P, Lipcseyova D, Michalkova K, Horovska L, Sedlacek R, Stopka P, Antalikova J, Dvorakova-Hortova K. Characterization of tetraspanin protein CD81 in mouse spermatozoa and bovine gametes. Reproduction. 2016 Dec;152(6):785-793. doi: 10.1530/REP-16-0304. Epub 2016 Sep 27. PMID: 27679865.

Tým

Mgr. Karel Harant Mgr. Karel Harant

Mgr.
Karel Harant

Vedoucí proteomické servisní laboratoře

karel.harant@natur.cuni.cz
+420325873925
Mgr. Pavel Talacko Mgr. Pavel Talacko

Mgr.
Pavel Talacko

Necílená proteomika, cílená proteomika

pavel.talacko@natur.cuni.cz
+420325873925
RNDr. Petr Žáček, Ph.D. RNDr. Petr Žáček, Ph.D.

RNDr.
Petr Žáček, Ph.D.

GC/MS specialista, analýza malých molekul

zacek@natur.cuni.cz
+420325873925
Mgr. Veronika Ševců Mgr. Veronika Ševců

Mgr.
Veronika Ševců

vědecký pracovník, příprava proteomických vzorků

veronika.sevcu@natur.cuni.cz
+420325873925