OMICS Proteomika

Laboratoř je vybavena hmotnostním spektrometrem  Orbitrap Fusion™ Tribrid™ Mass Spectrometer od firmy Thermo. Jedná se o jediný typ hmotnostního spektrometru, který kombinuje tři druhy hmotnostních analyzátorů v jednom instrumentu. Výsledná kombinace umožnuje dosáhnout vysokého rozlišení a nízké chyby měřené hmoty na straně jedné a vysoké rychlosti sběru dat na straně druhé. To vše při zachování dostatečné citlivosti. Pro proteomické aplikace typu data data dependent acquisition se jedná o vybavení poskytující v současnosti nejvyšší počet identifikovaných proteinů.

Hmotnostní spektometr je doplněn spolehlivou chromatografií v nano průtokovém provedení UltiMate™ 3000 RSLCnano System. Pro off line frakcionace komplkexních vzorků jsme rovněž vybaveni kapalinovou chromatografií  UltiMate™ 3000 Rapid Separation Binary System pro použití klasických průtoků s UV detekcí eluovaných peptidů.

Pro cílenou kvantifikaci peptidů jsme vybaveni trojitým kvadrupólem TSQ Quantiva™ Triple Quadrupole Mass Spectrometer, který je možno kombinovat s výše uvedenými typy chromatografií. Opět se jedná o typ přístroje, který je z pohledu technických specifikací na vrcholu dostupné technologie.

Pro analýzu získaných dat používáme volně dostupný software MaxQuant (Cox, Hein et al. 2014), který disponuje unikátním LFQ algoritmem pro labelfree kvantifikaci. Pro statistickou evaluaci a vizualizaci výsledku je následně použit program Perseus (Tyanova, Temu et al. 2016) který je rovněž volně dostupný. Proteomická data jsme však schopni zpracovat i v komerčním software ProteomeDiscoverer 2.1 popřípadě Scaffold 4.6.1. Data je možné rovněž prohledat pomocí programu Mascot 2.5.

Laboratoř je vybavevena hmotnostním spektrometrem  Orbitrap Fusion™ Tribrid™ Mass Spectrometer od firmy Thermo. Jedná se o jediný typ hmotnostního spektrometru, který kombinuje tři druhy hmotnostních analyzátorů v jednom instrumentu. Výsledná kombinace umožnuje dosáhnout vysokého rozlišení a nízké chyby měřené hmoty na straně jedné a vysoké rychlosti sběru dat na straně druhé. To vše při zachování dostatečné citlivosti. Pro metabolomické aplikace je velmi využitelná přítomnost iontové pasti. Ta umožňuje opakované fragmentace již fragmentovaných molekul. Tímto způsobem je možné získat komplexnější informace o struktuře analytů a potvrdit tak jejich identitu. Vysoké rozlišení a nízká odchylka měřených hmot je rovněž přínosná pro výpočet elementárního složení analytu a je charekteristická pro hmotnostní spektrometry využívající princip Fourierovy transformace. Data z necílených metabolomických experimentů analyzujeme pomocí komerčního programu od firmy Thermo – Compound Discoverer 2.0.

Hmotnostní spektometr je doplněn spolehlivou kapalinovou chromatografií UltiMate™ 3000 Rapid Separation Binary System. Metabolomické experimenty separujeme nejčastěji na C18 reverzní fázi pro hydrofóbnější analyty a na HILIC stacionární fázi pro separaci polárních metabolitů. Alternativou k HILIC separaci je použití iontové chromatografie. Naše laboratoř disponuje Dionex ICS-4000 v anion exchange konfiguraci  pro separaci extrémně polárních a nabitých analytů.

Pro cílenou kvantifikaci metabolitů jsme vybaveni  trojitým kvadrupólem TSQ Quantiva™ Triple Quadrupole Mass Spectrometer, který je možno kombinovat s výše uvedenými typy chromatografií. Opět se jedná o typ přístroje, který je z pohledu technických specifikací, na vrcholu dostupné technologie.

Dalším metabolomickým vybavením je plynová chromatografie v kombinaci s hmotnostní spektometrií – Pegasus® 4D-C od firmy Leco. Jedná se o dvoudimenzionální plynovou chromatografii s modulací pomocí kapalného dusíku. GC/GC instrument je přímo spojen s hmotnostním spektrometrem typu TOF. Použití plynové chromatografire umožnuje detekci a identifikaci celého spektra analytů, které by byly jinak jen obtížně analyzovatelné pomocí  LC/MS.