Jiří Forejt ve svém výzkumu využívá myší genom jako model pro poznání zákonitostí vzniku nových druhů a pro studium dědičnosti lidského vývoje a lidských chorob. Myší inbrední kmeny PWD/Ph a PWK/Ph, které vznikly v jeho laboratoři před více než 30 lety, jsou užívány v genetických laboratořích zemí čtyř kontinentů a jeho chromozomální substituční kmeny, převzaté referenční The Jackson Laboratory v USA, slouží jako biomedicínský model pro systémovou genetiku.
Skupina prof. Forejta v Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., identifikovala první savčí gen hybridní sterility (Prdm9), který u myší řídí neplodnost kříženců mezi blízkými druhy, a tím jejich reprodukční izolaci. Neplodnost hybridních zvířat, například muly, je prastarý dosud neujasněný příklad reprodukční izolace, který zaujal Darwina a psal o něm již Aristoteles. Reprodukční izolace umožňuje vznik nových druhů, patří do základního výzkumu evoluce živých forem na Zemi, ale má i biomedicínský potenciál. V posledních desetiletích značně klesá plodnost mužů západní civilizace. Výzkum profesora Forejta směřuje k rozpoznání funkce genů, které za tvorbu pohlavních buněk odpovídají. Jeho výzkum tak představuje naději pro mnohé pacienty trpící reprodukčními poruchami.