Zde se nacházíte: Biocev / Zobrazovací metody

Zobrazovací metody

O nás

Úvod

Servisní laboratoř Zobrazovací metody pokrývá tři základní oblasti – optickou (fluorescenční) mikroskopii, elektronovou mikroskopii a průtokovou cytometrii. Nabízíme našim uživatelům nejen zacvičení a přístup k vyspělým přístrojům, ale i konzultační služby týkající se optimálního nastavení podmínek experimentu, přípravy vzorku, sběru dat, případně analýzy a interpretace získaných výsledků.

Euro-Bioimaging

Servisní laboratoř Zobrazovací metody tvoří část českého uzlu celoevropské zobrazovací infrastruktury Euro-BioImaging.

Euro-BioImaging

Czech-Bioimaging

Dále se podílíme jako jeden z uzlů na národní zobrazovací infrastruktuře Czech-BioImaging national.

Czech BioImaging

 

Aktuality

  • Obrázek mastigamoeaby pořízený v IMCF se dostal na titulní stránku Environmental Microbiology

    Publikační úspěch zaznamenala skupina prof. Tachezyho, jejichž článek “Lateral gene transfer of p-cresol- and indol-producing enzymes from environmental bac...pokračovat

  • Obrázek mastigamoeaby pořízený v IMCF se dostal na titulní stránku Environmental Microbiology

    Publikační úspěch zaznamenala skupina prof. Tachezyho, jejichž článek “Lateral gene transfer of p-cresol- and indol-producing enzymes from environmental bacteria to Mastigamoeba balamuthi” byl uveden v “Highlights” časopisu Enviromental Microbiology. Jeden z obrázků použitých v publikaci, nasnímaný na FIB-SEM mikroskopu v servisní laboratoři IMCF, se dostal až na titulní stránku daného vydání časopisu.

    imcf

    Více informací o publikaci:

    Lateral gene transfer of p-cresol- and indol-producing enzymes from environmental bacteria to Mastigamoeba balamuthi.

    Eva Nývltová, Robert Šuťák, Vojtěch Žárský, Karel Harant, Ivan Hrdý, Jan Tachezy; Department of Parasitology, Charles University, Faculty of Science, Biocev

    p-Cresol is an odorous toxic compound that is produced in oxygen-limited environments such as animal intestines, soil environments, and marine and estuarine sediments. The production of p-cresol is restricted to a few species of anaerobic bacteria, and its production by eukaryotic microbes has not been observed. Unexpectedly, we discovered that Mastigamoeba balamuthi, an amoeba living in low-oxygen habitats, produces p-cresol at bacteriostatic concentrations. We identified a key enzyme, 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase, with a unique structure (a glycyl radical enzyme fused with the activating enzyme in M. balamuthi), and we elucidated the pathway mediating the tyrosine-to-4-hydroxyphenylacetate conversion. We propose that p-cresol production provides M. balamuthia competitive advantage over other microflora in its native anaerobic habitats.

    For further details, the readers are referred to the article by Gonzalez and colleagues on pp. 847-848 of this issue. The anaerobic protist Mastigamoeba balamuthi acquired a bacterial weapon by lateral gene transfer. Scanning electron micrograph of an axenic culture.


Aktuality

  • Obrázek mastigamoeaby pořízený v IMCF se dostal na titulní stránku Environmental Microbiology

    Publikační úspěch zaznamenala skupina prof. Tachezyho, jejichž článek “Lateral gene transfer of p-cresol- and indol-producing enzymes from environmental bac...pokračovat

  • Obrázek mastigamoeaby pořízený v IMCF se dostal na titulní stránku Environmental Microbiology

    Publikační úspěch zaznamenala skupina prof. Tachezyho, jejichž článek “Lateral gene transfer of p-cresol- and indol-producing enzymes from environmental bacteria to Mastigamoeba balamuthi” byl uveden v “Highlights” časopisu Enviromental Microbiology. Jeden z obrázků použitých v publikaci, nasnímaný na FIB-SEM mikroskopu v servisní laboratoři IMCF, se dostal až na titulní stránku daného vydání časopisu.

    imcf

    Více informací o publikaci:

    Lateral gene transfer of p-cresol- and indol-producing enzymes from environmental bacteria to Mastigamoeba balamuthi.

    Eva Nývltová, Robert Šuťák, Vojtěch Žárský, Karel Harant, Ivan Hrdý, Jan Tachezy; Department of Parasitology, Charles University, Faculty of Science, Biocev

    p-Cresol is an odorous toxic compound that is produced in oxygen-limited environments such as animal intestines, soil environments, and marine and estuarine sediments. The production of p-cresol is restricted to a few species of anaerobic bacteria, and its production by eukaryotic microbes has not been observed. Unexpectedly, we discovered that Mastigamoeba balamuthi, an amoeba living in low-oxygen habitats, produces p-cresol at bacteriostatic concentrations. We identified a key enzyme, 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase, with a unique structure (a glycyl radical enzyme fused with the activating enzyme in M. balamuthi), and we elucidated the pathway mediating the tyrosine-to-4-hydroxyphenylacetate conversion. We propose that p-cresol production provides M. balamuthia competitive advantage over other microflora in its native anaerobic habitats.

    For further details, the readers are referred to the article by Gonzalez and colleagues on pp. 847-848 of this issue. The anaerobic protist Mastigamoeba balamuthi acquired a bacterial weapon by lateral gene transfer. Scanning electron micrograph of an axenic culture.

Rezervace

rezervace_ikona       Návod pro použití rezervačního sytému (v angličtině) stáhnete zde. V případě problémů a nejasností kontaktujte přímo naše příslušné vědecké pracovníky.

Ceník

Ceník optických (fluorescenčních) technik pro externí uživatele (v angličtině). Pro získání aktuální ceny průtokové cytometrie a elektronové mikroskopie kontaktujte Petru Grznárovou, resp. Adama Schröfela.

Tým a kontakt

Benda_ales
  • Mgr. Aleš Benda, Ph.D.

  • Vedoucí servisní laboratoře, optická (fluorescenční) mikroskopie
  • +420 325 873 940
  • +420 735 196 355
Místnost L1.013
Místnost
L1.014
Místnost
L1.014
  • Mgr. et MgA. Adam Schröfel, Ph.D.

  • Elektronová mikroskopie, korelativní světelná a elektronová mikroskopie
  • +420 325 873 924
  • +420 735 196 352
Místnost
M1.003

Kde nás najdete v BIOCEV centru

v3_plan_zobrazovaci

Mapa1NP-ZM


Vybavení


  • Carl Zeiss LSM 880 NLO

    Intravital inverted two-photon and confocal microscope with 34 channel spectral detection and with four reflected and two transmitted NDD detectors (including two highly sensitive GaAsP detectors suitable for FLIM), equipped with MP laser with OPO and with the full set of visible cw lasers.

  • FEI Helios NanoLab G3 UC–FIB-SEM

    Scanning electron microscope with focused ion beam milling equipped for cryo-imaging and correlative light and electron microscopy (CLEM) plus accessories (Leica EM HPM100, ULTRACUT UC7 with FC7, AFS2, CPD300 A and KMR3) for sample preparation.

  • BD FACS Aria Fusion

    (5 lasers, 19 detectors, jet-in-air 4-way sorter, 70 000 cells per minute) and BD LSR Fortessa SORP (5 non-collinear lasers, 20 detectors, 40 000 samples per second) for complex fluorescence flow cytometry analysis and sorting.

  • Super-resolution Nikon Ti-E microscopes with N-SIM and N-STORM modules and Nikon Ti-E with STED module from Abberior Instruments

    Each module allows for two-colour 3D super-resolution acquisition, using different approaches to break the diffraction limit of optical resolution.

  • Leica TCS SP8 DM6 CFS and Leica DMi8

    Upright confocal and inverted wide-field microscopes for combined optical and electro-physiological measurements, Nikon Ti-E with Laser H-TIRF System for long term live cell observations and Carl Zeiss AxioZoom.V16 for large specimen observation.

  • Leica TCS SP8 WLL SMD-FLIM

    Inverted confocal microscope with a fluorescence lifetime imaging module (FLIM), including pulsed white light laser (470 nm – 670 nm), pulsed 405 nm laser and freely spectrally selectable detection with two high sensitivity HyD detectors.

Naše služby

Přehled služeb Servisní laboratoře Zobrazovací metody

  • Optická (fluorescenční) mikroskopie
  • Elektronová mikroskopie
  • Průtoková cytometrie

 

Ve fluorescenční mikroskopii pokrýváme následující metody: klasická a konfokální mikroskopie, dvoufotonová hloubková mikroskopie, 3D dvoubarevná super-rezoluční mikroskopie (STED, PALM, STORM, SIM), funkční zobrazování (FLIM, spektrální, FCS), TIRF, zobrazování živých buněk a kombinované elektrofyziologické a optické zobrazování. Výhodou naší servisní laboratoře je aplikace, implementace a vývoj pokročilých fluorescenčních zobrazovacích technik, zejména super-rezoluční a funkční (FLIM, FCS) zobrazování

elektronové mikroskopii nabízíme 3D zobrazování pomocí FIB-SEM mikroskopu, klasické vysokorezoluční rastrovací zobrazování, analýzu prvkového složení (EDS) a korelativní světelnou a elektronovou mikroskopii. Dále nabízíme širokou paletu metod přípravy vzorků od zalévání do pryskyřic, sušení, vysokotlaké mražení apod.

Průtoková cytometrie zahrnuje fluorescenční průtokový sorting a analýzu.

Reference a publikace

NAPOJENÍ NA NÁRODNÍ A MEZINÁRODNÍ VÝZKUMNÉ INFRASTRUKTURY A KONZORCIA

Servisní laboratoř Zobrazovací metody tvoří část českého uzlu celoevropské zobrazovací infrastruktury Euro-BioImaging.

Euro-BioImaging

Servisní laboratoř Zobrazovací metody BIOCEV je podporována programem pro velké výzkumné infrastruktury Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy v rámci projektu „Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování (Czech BioImaging – LM2015062)“.

msmt_ceske

POTENCIÁL KE SPOLUPRÁCI

Hledáme klíčové partnery s biologickými, medicínskými, případně s materiálově-inženýrskými projekty, které mohou těžit z optimalizovaných pokročilých zobrazovacích metod. Dále vítáme jakékoli průmyslové partnery zajímající se nejen o vysoce pokročilé technologické vybavení, ale i o testovací prostředí pro své nové produkty, či partnery hledající možnosti komercionalizace nových řešení týkajících se super-rezoluce nebo jiných metod funkčního zobrazování.