Zde se nacházíte: Biocev / OMICS Proteomika

OMICS Proteomika

O nás

We offer complex proteome analysis and quantification on the latest generation of Mass spectrometry equipment–Thermo Orbitrap Fusion. We are able to quantify your sample on the whole proteome level using an untargeted approach or just a selected protein with a targeted analysis. The most common applications are: quantitative analysis of whole proteomes comparing, for example, treated and control samples, analysis of immunoprecipitated proteins and targeted quantification of selected peptides.


Tým a kontakt

Místnost
J1.004

Kde nás najdete v BIOCEV centru

Mapa1NP-OMICS


Vybavení


  • Thermo Orbitrap Fusion with nano LC

    _S3A0283 _S3A0291 _S3A0299

    Vybaveni pro proteomiku

  • Vybavení proteomické laboratoře

    Laboratoř je vybavena hmotnostním spektrometrem  Orbitrap Fusion™ Tribrid™ Mass Spectrometer od firmy Thermo. Jedná se o jediný typ hmotnostního spektrometru, který kombinuje tři druhy hmotnostních analyzátorů v jednom instrumentu. Výsledná kombinace umožnuje dosáhnout vysokého rozlišení a nízké chyby měřené hmoty na straně jedné a vysoké rychlosti sběru dat na straně druhé. To vše při zachování dostatečné citlivosti. Pro proteomické aplikace typu data data dependent acquisition se jedná o vybavení poskytující v současnosti nejvyšší počet identifikovaných proteinů.

    Hmotnostní spektometr je doplněn spolehlivou chromatografií v nano průtokovém provedení UltiMate™ 3000 RSLCnano System. Pro off line frakcionace komplkexních vzorků jsme rovněž vybaveni kapalinovou chromatografií  UltiMate™ 3000 Rapid Separation Binary System pro použití klasických průtoků s UV detekcí eluovaných peptidů.

    Pro cílenou kvantifikaci peptidů jsme vybaveni trojitým kvadrupólem TSQ Quantiva™ Triple Quadrupole Mass Spectrometer, který je možno kombinovat s výše uvedenými typy chromatografií. Opět se jedná o typ přístroje, který je z pohledu technických specifikací na vrcholu dostupné technologie.

    Pro analýzu získaných dat používáme volně dostupný software MaxQuant (Cox, Hein et al. 2014), který disponuje unikátním LFQ algoritmem pro labelfree kvantifikaci. Pro statistickou evaluaci a vizualizaci výsledku je následně použit program Perseus (Tyanova, Temu et al. 2016) který je rovněž volně dostupný. Proteomická data jsme však schopni zpracovat i v komerčním software ProteomeDiscoverer 2.1 popřípadě Scaffold 4.6.1. Data je možné rovněž prohledat pomocí programu Mascot 2.5.

    Vybavení pro metabolomiku

  • Vybavení metabolomické laboratoře

    Laboratoř je vybavevena hmotnostním spektrometrem  Orbitrap Fusion™ Tribrid™ Mass Spectrometer od firmy Thermo. Jedná se o jediný typ hmotnostního spektrometru, který kombinuje tři druhy hmotnostních analyzátorů v jednom instrumentu. Výsledná kombinace umožnuje dosáhnout vysokého rozlišení a nízké chyby měřené hmoty na straně jedné a vysoké rychlosti sběru dat na straně druhé. To vše při zachování dostatečné citlivosti. Pro metabolomické aplikace je velmi využitelná přítomnost iontové pasti. Ta umožňuje opakované fragmentace již fragmentovaných molekul. Tímto způsobem je možné získat komplexnější informace o struktuře analytů a potvrdit tak jejich identitu. Vysoké rozlišení a nízká odchylka měřených hmot je rovněž přínosná pro výpočet elementárního složení analytu a je charekteristická pro hmotnostní spektrometry využívající princip Fourierovy transformace. Data z necílených metabolomických experimentů analyzujeme pomocí komerčního programu od firmy Thermo – Compound Discoverer 2.0.

    Hmotnostní spektometr je doplněn spolehlivou kapalinovou chromatografií UltiMate™ 3000 Rapid Separation Binary System. Metabolomické experimenty separujeme nejčastěji na C18 reverzní fázi pro hydrofóbnější analyty a na HILIC stacionární fázi pro separaci polárních metabolitů. Alternativou k HILIC separaci je použití iontové chromatografie. Naše laboratoř disponuje Dionex ICS-4000 v anion exchange konfiguraci  pro separaci extrémně polárních a nabitých analytů.

    Pro cílenou kvantifikaci metabolitů jsme vybaveni  trojitým kvadrupólem TSQ Quantiva™ Triple Quadrupole Mass Spectrometer, který je možno kombinovat s výše uvedenými typy chromatografií. Opět se jedná o typ přístroje, který je z pohledu technických specifikací, na vrcholu dostupné technologie.

    Dalším metabolomickým vybavením je plynová chromatografie v kombinaci s hmotnostní spektometrií – Pegasus® 4D-C od firmy Leco. Jedná se o dvoudimenzionální plynovou chromatografii s modulací pomocí kapalného dusíku. GC/GC instrument je přímo spojen s hmotnostním spektrometrem typu TOF. Použití plynové chromatografire umožnuje detekci a identifikaci celého spektra analytů, které by byly jinak jen obtížně analyzovatelné pomocí  LC/MS.

Naše služby

  • Preparation of samples for analysis (we are able to prepare a sample for analysis from your tissue or cell line)
  • Proteomic analysis of your samples – identification and quantification of proteins (aproximately 4500 quantified proteins from the human cell line in a single injection)
  • Data analysis and basic statistical evaluation
  • Consultation about experimental designs and how to obtain the maximum amount of informationfrom your experiment

 

CF SERVICES/SUCCESSFUL PROJECT

We are able to quantify your sample using different approaches – label free quantification, SILAC, isobaric tag quantification (iTRAQ), dimethyl labelling etc. We can also offer detection and quantification of various posttranslational modifications (PTMs), such as phosphorylation, acetylation or other PTMs. In addition to basic data analysis which is free for each sample, we can  perform more complex bioinformatic and statistical analysis or train your staff how to use proteomics software and how to interpret proteomic data.

Reference a publikace

POTENTIAL FOR COOPERATION

We will be your partner in your research efforts. Each analysis is consulted individually beforehand to perfectly meet your demands. All our services are available for everybody from the academic and non academic areas. We work in pay per analysis mode and we don’t demand co-authorship on your publications. In case of stable and long-term cooperation You can obtain an individualized price quote.